不過在偵辦匪諜的同時，我們也不可否人有許多的冤案發生，因此從中華民國人權立國的角度來看，「警總」的形象無疑是負面的。如果彭孟緝沒有我們想的那麼壞，那麼製造這些冤案的罪人是誰呢？根據郭冠佑的考證，可能會讓讀者們非常訝異，其實外號「民主先生」，接替彭孟緝出任台灣省保安司令的台灣省主席吳國楨背負了更多的責任。
吳國楨是第一位兼任台灣保安司令的台灣省主席，而在他任內所破獲的匪諜案比起彭孟緝而言只能說有過之而無不及，包括中共台灣省工作委員會書記蔡孝乾，還有暗中為共軍服務的國防部參謀次長吳石以及替吳石傳遞情報的朱諶之都是在這段時間落網。著名的鹿窟事件，同樣是在吳國楨擔任保安司令時的1952年爆發。
搗毀中共在台地下組織，無論從當今國民黨還是主張「抗中保台」的本土派人士眼中都應該是大功一件，然而吳國楨的另外一大特色是對參予學生運動的青年學子相當殘酷。原來過去在上海擔任市長的吳國楨，本身就是中共發動「反內戰、反飢荒」學運的苦主，對中共利用學生反政府的手段深惡痛絕，對待被中共利用的學生也毫不留情。
比如保安司令部在1950年11月破獲的台灣青年自治同盟案，還有1951年9月的師大附中案都是以校園為主要目標的政治案件，遭迫害者不是學生就是教職人員，顯見吳國楨對青年知識份子的痛恨。不過因為吳國楨後來與蔣氏父子交惡，並因此而流亡美國成為「政治受難者」的原因，反而台灣沒有人去追究吳國楨「迫害人權」的責任，確實是讓人無限感慨。
誰是「警總」的大魔王
不過彭孟緝也好，吳國楨也罷，論及罪惡的程度都比不上1970年就任「警總」中將副總司令的阮成章。阮成章擔任完「警總」的副司令後，又於1978年升任法務部調查局局長，雖然不曾有機會擔任「警總」的總司令，可是他對無辜忠良的迫害卻不是從就任「警總」副司令開始的，也沒有在他任職「警總」的八年以後就結束。
而陸軍官校第15期畢業的阮成章，之所以能獲得蔣經國信任，進一步掌握「警總」，關鍵就在於他一開始就不是普通的陸軍軍官。他沒有像其他黃埔15期的畢業生那樣，一離開軍校就被送到前線擔任排長與日軍作戰，而是專門派往敵後遏止中共遊擊隊壯大。他在擔任第6戰區參謀處研究室副主任時，親手策劃並成功逮捕了中共鄂西特委書記何功偉。
根據大陸史料，何功偉曾是阮成章的高中同學，但阮成章還是冷酷無情的將他與中共鄂西特委婦女部部長劉慧馨一同槍殺，鐵面無私的行為獲得了國民政府的賞識。到了台灣以後他出任海軍總司令部政治部主任，期間積極配合海軍總司令桂永清將軍整肅異己，海軍總司令部情報看守所、鳳山招待所以及海軍反共先鋒營等令人聞風喪膽的威權不義遺址都是由阮成章所一手策劃。
