等到桂永清被鬥倒以後，阮成章又在接下來中華民國政府的派系鬥爭中堅決的與蔣經國站在一起，於1955年羅織郭廷亮少校謀反案，將背後有美國支持的抗日名將孫立人將軍鬥倒，鋪平了經國先生的接班之路。從海軍白色恐怖到孫立人案，我們不難發現阮成章針對的目標都是外省人，而外省人的白色恐怖受害者又佔了高達46%的比例，其實是相當之高的。
等到阮成章在1970年擔任「警總」副司令後，又發生馬來西亞僑生陳欽生因為台南美國新聞處遭爆破案而被逮捕一事。事實上陳欽生與美國新聞處遭炸彈攻擊一事無關，只因為他時常去美國新聞處讀書就被調查局組長張繼田栽贓為「馬共」份子，還遭到「警總」軍法官杜榮華求處死刑，但後來可能考量到他馬來西亞國民的身份，減刑為12年有期徒刑加褫奪公權終生。
「警總」的民主化改革
而張繼田等人之所以一口咬定陳欽生為「馬共」份子的原因，一來是當時馬來西亞剛剛與中華民國斷交，有所謂的民氣可用，二來則是在抓不到真正兇嫌的情況下，殺一個在台灣無親無故的馬來西亞僑胞給「警總」還有調查局帶來的衝擊最小。不過根據陳欽生晚年的回憶，張繼田非要為難他的原因是為了領取20萬元新台幣的獎金。
到了1976年，「警總」又將目標鎖定的本省籍的政治犯，於「二二八事件」期間參加「二七部隊」的陳明忠，在阮成章指示下將其逮捕並試圖判處死刑。然而陳明忠不是外省人，更不是孤苦無依的馬來西亞僑生，且70年代台灣的自由度已遠超過50年代，所以他不只得到台灣的黨外運動人士支持，還得到美國的保釣運動人士以及國際特赦組織聲援。
鑒於保釣人士集資在《紐約時報》（New York Times）刊登文章，使陳明忠被捕一事為美國政界所知，給中華民國政府帶來了極為負面的形象。考量到當時尼克森（Richard M. Nixon）已訪問北京，美國與中共的「關係正常化」只剩下一步之遙，蔣經國決定介入對陳明忠的審判，由原本的死刑改判15年徒刑以維繫對美關係。
這件事情結束後兩年，阮成章便卸下了「警總」副總司令之職，可視為蔣經國為「警總」的改革拉開序幕。1981年，首位本省籍上將陳守山接掌「警總」總司令職務，以配合蔣經國推動的「民主化」與「本土化」政策。在陳守山的帶領下，「警總」逐漸解除掉過去各種逮捕、審訊乃至於關押政治犯的工作，將任務範圍限定於海岸巡防與後備軍人的動員之上。
有趣的是，根據郭冠佑的研究，這段時間「警總」的形象並沒有因為「警總」的「本土化」，乃至於「警總」的任務由軍事保防轉變為治安而有所改善。相反的，因為許多從大陸共軍手中走私槍械的本土黑幫遭到「警總」查緝，心聲不滿的他們轉而向80年代竄起的黨外雜誌提供資金，使得「警總」在台灣人記憶中聲名狼藉的形象難以撼動。
