孫世英作出此表態前，中國網路平台上有文章稱，東航因在新冠病毒病（COVID-19）疫情下，承受著「上百億」虧損，因而嚴控維修開銷。這篇文章被中國國家互聯網信息辦公室點名為造謠文章，責令各平台將其下架。然而，直到今天，中國民航局主管的中國民航網上仍有轉載這篇文章。
另外也有網路傳言稱，東航曾自主維修737-800的撥叉（pickle fork），質疑是否與這次空難有關。也有傳言稱飛機上的無線電應答機（transponder）曾播發代碼7500，代表遭劫持。東航集團宣傳部部長劉曉東曾否認失事飛機曾檢修過撥叉，又稱機組未曾掛出任何代碼。
英國航空分析師菲利普·巴特沃斯—海耶斯（Philip Butterworth-Hayes）當時對BBC第五廣播電台（BBC Radio 5 Live）評論說：「那太讓人費解了。飛機當時在2.9萬英尺，也就是巡航高度，遠高於天氣層，通常也遠高於鳥擊區域。」
另一位航空業分析師亞歷克斯·馬克拉斯（Alex Macheras）當時對BBC國際台（BBC World Service）說：「我們不能歸咎於天氣，因為當時天氣良好。飛機沒發出緊張或求救信號，沒有發出7700或7500代碼，也就是緊急情況或被劫持。我們實在完全不知道發生了什麼事。」
MU5735航班的飛行員組成是另一主要討論焦點。東航雲南公司董事長孫世英曾公布，機長、副駕駛與觀察員的飛行時數分別是6709小時、31769小時和556小時，並強調「三位飛行員的飛行執照和健康證都在有效期內，健康狀況良好、飛行經歷完備」，「平時的表現也都是很好的，家庭情況也都比較和睦」。
其後網上再有傳言稱，調查人員已鎖定資歷最深但擔任副駕駛的飛行員，稱是其因遭公司降職而自殺報復。中國民航局航空安全辦公室副主任吳世傑公開批評有關言論均為「謠言」，「已涉嫌違法」，當局就此已向公安部門報警處理。
實際上，民航飛機機長給資歷較淺的飛行員擔任副駕駛並非罕見，例如正在接受培訓考核的凖機長實習於駕駛艙左側機長坐席執勤時，訓練機長便有可能充當副駕駛指導和監察凖機長。
不過，美國媒體於5月份曾引述匿名美國官員稱，有人「蓄意」導致MU5735航班墜毀，稱「飛機聽從了駕駛艙內某人告訴它去做的事」。路透社也引述兩位「熟悉有關情況的人士」說，至當時為止，並未發現墜毀飛機有機械故障的證據。
