從經驗來看，以校務會議做為校務重大事項決策機制很可能導致民主有餘，學術專業不足，並造成大學「權責不明、運作成效不彰的困境」（陳維昭，2002）。首先，我國大學的校務會議成員動輒上百人，臺大校務會議成員更高達近一百八十人；在這麼龐大的會議中，成員難以實質議事，以致校務會議往往僅具民主決策的形式意義。以設置新學院或系所的議題為例，大部分校務會議代表囿於專業領域的隔閡，通常無法表達實質意見；這樣的議決方式顯然徒具形式。其次，大學法第八條規定校長綜理校務，負校務發展之責，而校務會議無此職責卻有議決校務重大事項之權，導致校長有責無權、校務會議有權無責的問題（陳維昭，2002）。
大學法不僅統一規定了校務會議做為各大學校務重大事項的決策機制，還鉅細靡遺地規定校務會議的組成方式，各種代表的人數比例，甚至計算比例時遇有小數點時該如何處理的細節。這樣繁瑣的規定完全扼殺了大學自主決定其治理結構的空間，也與歐美一流大學的作法背道而馳。歐美一流大學都是在歷史發展的脈絡中逐漸建立並不斷修正其治理架構，才發展出百花齊放、各有特色的大學文化，也才得以孕育出百家爭鳴的蓬勃學術環境。
綜合而論，大學法第三章除第十四條外均為限制或侵害大學自主組織權的規定。由於自主組織權涉及大學自治的核心領域，大學法第三章的規定，除非符合比例原則，恐難謂其合憲。比例原則首先要檢視的是立法目的之正當性。然而，大學法對於學術單位架構的限制或以校務會議作為大學校務重大事項決策模式的規定等，究竟維持了什麼樣的重大公共利益？若這個問題的答案是模糊不清的，那麼僅從立法目的正當性的角度便難以證成現行大學法的這些限制，遑論適當性、必要性及狹義比例原則的檢視。無論如何，現行大學法所規定的學術架構與決策機制等，或許可以成為個別大學自主選擇的治理模式，但不應由大學法規定為全國各大學均須奉行的普遍規範。
大學法修法芻議
根據前面的討論，現行大學法的許多規定實際限制或侵害了大學自治，甚至有違憲之虞。以下謹對大學法修法提出幾點原則性的建議，並希望學界、社會與政府共同加入討論，為大學法修法提供更多的具體建議。
1. 大學法應以憲法對大學自治與自主組織權之制度性保障為基礎進行系統性修法。此一修法不宜在細節上做片面且破碎之修改，更不應進一步擴大對全國各大學的齊頭式限制。首先，立法院應全面檢討並排除現行大學法對大學自治之不當干預，刪除大學法對於大學組織在結構與細節上鉅細靡遺的規定。其次，為積極落實大學自治，大學法對於大學治理僅應進行原則性之規範，允許並鼓勵各大學自行設置符合其需要與特色的組織及制度。國家固然有依法監督大學之責，但其監督應符合法律保留原則與比例原則，以避免違憲侵害大學自治。
