大學自治的核心領域包含了研究自由、教學自由和學習自由等事項之自主安排（釋字第380號），以及在治理架構上為安排這些事項所需的自主組織權（釋字第450號）。李惠宗認為，大學於其自治範圍內，取得「與立法者相同之地位」（李惠宗，2005，頁90）。陳新民也同樣主張，大學自治在相當程度上可比擬為國會自治，國家法律只應給予最少及最必要的限制（陳新民，2001）。依據這些見解，大學本身才是大學自治範圍內的決策主體，而不應太阿倒持，任由國家訂定法律來規範大學自治的內涵。
大學自治不受法律保留原則之限制
大學在其自治範疇內既取得立法者之地位，因此即使在法律規定範圍之外或無法律之授權，大學仍具憲法所保障之自治規章訂修權力，且此項權力不受法律保留原則之限制。所謂法律保留原則指的是憲法將涉及人民權利義務之重要性事項（釋字第 443 號）保留給立法者（憲法第二十三條），故須由立法者依法律加以規定。行政機關對此等事項，須有法律或依法律授權所訂定之行政命令為依據，方得有所作為，無法律依據或法律明確授權者則不應有所作為。
大學訂定自治規章之自治權力既然直接來自憲法保障的學術自由基本權，其位階等同於法律或甚至「高於來自國家的法律」（許育典，2012，頁20）。所以即使無法律依據或法律明確授權，大學亦有訂定自治規章之立法權。大法官釋字第 563 號解釋清楚肯定，大學在自治範疇內訂定自治規章，不生憲法第二十三條法律保留原則之適用問題。當然，大學自治規章仍應受憲法基本權規定的限制；影響師生權益的規章需符合憲法第二十三條之比例原則規定，其制定亦「應遵守正當程序，其內容並應合理妥適」（釋字第 563 號）。
就大學在自治範疇之立法者地位言，固無法律保留原則之適用問題，但就大學亦具高等教育行政機關的角色言，豈能自外於法律保留原則之適用？這就涉及大學定位問題的釐清。從大學法第四條第二項規定來看，大學的設立、變更或停辦均受教育部的監督與管理，「其地位為隸屬教育部的高等教育行政機關」（許育典和李佳育，2014，頁181）。按大法官釋字第 382 號解釋，無論公私立大學均具有機關或與機關相當之地位，其行政作為如教師評審、學生獎懲與畢業證書核發等，均具有行政處分之效力（行政程序法第九十二條）。依此，大學的確是具行政權的高等教育行政機關。
然而，大學與其他行政機關仍有相當大的差別。首先，大學作為行政機關之權源有別於國家其他行政機關。大學在學術自由範疇內之行政權，源自憲法對大學自治的制度性保障，國家其他行政機關之權源則是民主法治原則下的國家「組織結構」。依此，教育主管機關對於其所屬機關同時具適法性與適當性監督之權，對大學則僅具適法性之監督地位（釋字第 563 號理由書）。其次，大學在擁有行政權的同時也有著源自學術自由基本權之自治立法權，故其自治規章不適用法律保留原則；其他行政機關則無立法權，故在權力分立與依法行政原則下須遵守法律保留原則。
