以教育部頒布之「專科以上學校維護學生受教權益應行注意事項」為例。該「注意事項」賦予教育部對大學教學品質進行檢核及到校訪視的權力；檢核不通過者，教育部還可對其進行減招及扣補助款等行政裁罰。這些規定並無法律授權而先在形式上有違憲之虞，實質上則更違背了大法官釋字第 380 號解釋所稱「大學課程之訂定與安排，應由各大學依據大學自治與學術責任原則處理之」的精神（呂明哲，2021）。
現行大學法對大學自主組織權的限制有違憲之虞
現行大學法並未依憲法保障大學自治之自主組織權，反而對大學的治理組織訂定了過多的規範。大學法第三章規範大學的組織與會議，主要包含四部分：1) 規定校長之職責及產生（第八條至第十條）；2) 規定學術單位的架構，如院、系、所及學程等以及學術主管如院長、系主任、所長及學程主任之產生（第十一條至第十三條）；3) 承認大學為達成大學存在之目的，得於組織規程中設各種行政單位或召開各種會議（第十四條）；4) 規定大學應設校務會議及其審議事項（第十五條至第十六條）。
基於前述第二部分的規定，臺灣各大學均有相當一致的院、系、所及學程之學術架構。各大學因此宛如從同一個模子刻出來，而被戲稱為教育部大學（吳志光，2014，頁5）。但從大學自治的觀點來看，這樣的學術架構是否適當，應由大學來判斷，而非在大學法中作出強制規定。同樣地，大學是否設置教務處、學務處及總務處等行政單位亦宜由大學判斷其必要性，而非由國家去統一規範。民國94年大學法修法時將教務處、學務處及總務處等單位之設置規定去除，並交由大學於組織規程中自行訂定（大學法第十四條第一項），展現了對大學自主組織權的尊重。然而大學法第三十六條卻又賦予教育部核定各校組織規程的權力，亦即對大學組織架構進行適當性監督。這樣的規定違背了釋字第 563 號解釋所明示國家對大學之監督應侷限在適法性監督，而非適當性監督的範圍（許育典，2012，頁17）。
從大學發展趨勢來看，現行大學法所規定的學術單位架構過於僵化，不利大學發展自己的特色或邁向頂尖。當前社會，政治，經濟，科技等都面臨巨變，各大學正應重新思考怎樣的學術架構才能成為支持學術創新發展與跨域結合的平台。如果制度上先將大學的學術架構限制住，恐將壓縮大學未來創新發展之空間。總之，大學法必須回歸大學自治的精神，讓大學擁有更大的彈性，規劃屬於自己的學術單位架構與行政治理單位。
現行大學法侵犯大學自治最自相矛盾，也最嚴重的地方就是規定全國各校均應設置校務會議，以議決校務重大事項[1]。言之矛盾是因為大學法第十四條才賦予大學自主組織權，第十五條與第十六條卻對大學重大事項決策機制進行強制性規定。言其最為嚴重是因為大學治理的決策機制關係到大學的榮枯興衰，而大學法卻限制重大事項決策機制只能採取特定模式。這些規定忽略了校務會議決策只是大學治理的一種模式，亦即共治大學(Gruppenuniversität)（曾建元，2018，頁211），它既非唯一模式，也未必適合所有大學。大學既為自治權之主體，擁有憲法承認之自主組織權，各大學自應有權選擇最適合自身發展的決策機制，並在發展過程中自主調整與修正，而非由國家對此進行統一的規定。
