此外，依現行法律，我國私立大學為財團法人，具權利主體地位。公立大學雖非公法人，但仍具權利能力與主體地位（許育典和李佳育，2014，頁182-3）。111年憲判字第11號認定公立大學得就最高行政法院不予維持其不續聘教師措施之再申訴決定提行政訴訟，即確認人事任用是大學自治的核心，且自治權受侵害時大學應有救濟管道的權利主體地位。許育典因此指出：「大學自治的制度設計目的，就已註定其絕非只是國家的行政機關。」進一步言，基於大學自治權限，甚至可以說「大學並非國家的行政機關，而是屬於社會範疇的權利主體」（許育典，2012，頁20）。依此，大學雖能行使公權力，但與一般之行政機關顯不相同，更絕非教育部下屬之行政機關或附隨組織（李念祖，2018，頁3-4）。
國家對大學自治的監督須符合法律保留原則
大學自治規章固然無法律保留的問題，但國家對於大學自治之監督或限制卻必須受法律保留原則的約束。大法官釋字第 380 號解釋明示：「國家對於大學自治之監督，應於法律規定範圍內為之，並須符合憲法第二十三條規定之法律保留原則」。
法律保留原則包含形式與實質兩方面。形式上，只有國會所立之法律才能限制大學自治，行政權必須依法監督大學，不得逾越法律規定，或未經法律明確授權便自行以行政命令限制大學之教學與研究自由（釋字第 563 號）。我國行政主管機關常有這類違反依法行政原則的情形（李建良，1996，頁269），釋字第 380 號解釋宣告違憲的大學法施行細則第二十二條第三項正是這樣的例子。系爭條文規定「各大學共同必修科目，由教育部邀集各大學相關人員共同研訂之」，然而該規定並無大學法之授權，教育部「即不得增加大學法所未規定之限制」。再如教育部現行「大學及專科學校學生申訴案處理原則」第 1 點要求大學應將學生申訴相關規定送教育部審核，並宣稱其法源依據是大學法第三十三條第四項。但該項規定雖要求「大學應建立學生申訴制度」，卻並未授予教育部審核之權。
從實質面來看，國會立法限制大學自治應符合憲法第二十三條的比例原則。比例原則作為違憲審查的機制包含四部分，限制憲法保障之基本權或制度之法律必須符合立法目的正當性 (legitimer Regelungszweck), 手段適當性(Geeignetheit), 手段必要性 (Erforderlichkeit), 和狹義比例原則 (Angemessenheit) 方為合憲。立法目的正當與否的關鍵在於是否促進重大公共利益；手段適當性主要是檢視限制人民權利或制度的法律是否為達成其目的的適合手段；手段必要性則檢視有無其他更小侵害之手段也能達到同樣目的（即「最小限制原則」）；狹義比例原則關注的是手段與所追求的目的之間是否合乎比例。許宗力強調，不可為了較小的公益目的而過度限制了人民權益（許宗力，2003，頁51-57）。依此，國家限制大學自治權利必須符合上述比例原則，否則即有實質違憲之虞。
