民進黨立法院黨團日前指控國民黨新竹市長參選人林耕仁陽明交通大學碩士論文涉抄襲，7日又指控林耕仁中華大學碩士論文也涉抄襲，連目錄都不放過，而且整份63頁的論文就有20頁抄襲改寫，要求林耕知進退，民進黨新竹市長參選人沈慧虹甚至公開要求林耕仁應即刻退選！
自前先新竹市長林智堅爆發出論文抄襲一案後，國民黨北市議員參選人林杏兒、南投縣長參選人許淑華、民進黨基隆市長候選人蔡適應等人陸續遭指論文涉嫌抄襲，桃園市長參選人張善政則是被爆出研究計畫抄襲國外期刊與網站，國民黨新竹市長參選人林耕仁也被指控論文抄襲，民進黨立法院黨團在記者會上指出，林耕仁利用職權向市政府調閱資料，大幅剪貼政府報告，54頁論文中31頁有複製貼上痕跡，以此拿到交大碩士學位。今天又再度指稱，林耕仁的中華大學碩士論文也涉抄襲，手法包含罐頭模組論文、內文大規模抄襲，連謝誌和目錄都不放過，與前一年畢業的學長論文雷同度相當高。
面對民進黨的指控，國民黨新竹市長參選人林耕仁選擇第一時間出來捍衛自己的清白，被民進黨指控的當天，就主動備妥相關文件資料，前往陽明交通大學學術倫理與研究誠信辦公室遞交。今天遭到指控後，下午也第一時間到中華大學遞交碩士論文申請調查，但校方表示未收到檢舉而無法受理。
林耕仁表示，他的論文經過比對，符合中華大學現在的標準，論文的原創性絕對經得起考驗。至於目錄的部分的確有疏漏，他虛心檢討，也感謝民進黨大陣仗的監督與指教。
同時林耕仁也指出，民進黨繼續針對論文潑髒水，從側翼發動、再動員黨政機器全面抹黑，都是意料中的事。其目的不外乎就是轉移台北陳時中偷窺廣告的問題，同時藉由抹黑搶救民進黨參加人沈慧虹低迷的選情。
林耕仁認為，作為一位候選人，本質上也是一個普通人，面對政治的質疑與攻擊，他選擇虛心接受指控並主動向校方提出配合審查，有疏漏的部分，他虛心檢討，願意接受嚴謹的審查，坦然面對，才是候選人應有的器量與擔當。
