關注組成員吳偉嘉批評學聯在執行上從不公開，有悖學聯章程；秘書處權力過大，可以制定各項計劃、投票、決策，一旦濫權，便可輕易凌駕於各大學生會，而常委更有長達兩個月時間沒有正式開會，沒有推行「共識制」，違反章則。學聯常委兼港大學生會會長梁麗幗承認違反學聯典章，但常委有「承擔責任」意識，而學聯在「佔領」結束後已立即重啟會議。
吳偉嘉進一步質疑，「雨傘運動」期間，學聯曾組織「中央決策小組」，繞過常務委員會行事，做法越權。梁麗幗解釋說，「佔中」發生後，由於不同常委散落於不同「佔領區」，無法及時溝通，不得已才成立「中央決策小組」，但小組在作任何決策前，皆徵詢所有常委的意見並獲認可。
財政狀況缺乏透明度
此外，學聯的財政來源也是爭議焦點。吳偉嘉批評，學聯從不公開財務報告，缺乏透明度。學聯現擁有三間物業（一間自用，一間借給民間團體，一間租出），全港八萬五千名在校大學生每年每人六港元（零點七七美元）的會費、出租物業的收入以及「老鬼」（前學聯成員）的捐款，基本保證日常開支，無需進行街頭籌款，但有媒體質疑，這些收入是否能夠填補「雨傘運動」期間的開支。而之前，中文大學政治學系教授鄭赤琰指出，學聯等專上學生組織是殖民地政府控制大學生的「維穩」工具。港英政府從法律上規定學聯與各校的關係，也保證其有充足資金策劃各類行動。
港大退出學聯的校內公投將於二月九日至十三日進行，而港大學生會校園電視公布民調，五百七十一名學生中，百分之五十認為港大應退出學聯，百分之三十八的人反對。面對激進的內部反對聲音，有六十年歷史的學聯是否仍能站穩？
