更麻煩的是，特別基金若太過浮濫，將導致財務的複雜性，使行政首長、立法機關、監察機關與一般公眾，均難以暸解。
非營業基金與行政法人的設置，讓行政部門預算透明度降低，民眾難以監督。但對執政者角度，如果能在公務預算之外，透過非營業基金與行政法人創造「彈性空間」，不管是藍綠由誰執政，都是難以抗拒的「方便門」，從民進黨政府重新執政後，所推動的相關修法，就可以看出端倪。
農業保險、毒品防制、都更信保基金…新基金不斷成立
從行政院本屆立院會期，優先推動30項優先法案來看，由農委會推動的《農業保險法》，研議成立「財團法人農業保險基金」，立委陳明文已加碼要求，將農業職災保險納入給付項目；行政院院會8日通過文化部《文創產業發展法》修正案，授權文化部成立「行政法人文化內容策進院」。
另外，法務部推動的《毒品犯罪防制條例》，也將成立毒品防制基金。教育部將推動的《私立大學轉型退場條例》，其中包括授權成立50億元轉型退場基金。內政部推動的《都更條例》修法，也授權內政部成立「都更信保基金」。衛福部食藥署目前審查藥品、醫療器材的醫藥品查驗中心，也將修法轉型為行政法人，如果加上核廢料基金也在爭取行政法人化，台灣政府部門的「外掛」組織，可以說是無限增生。
除此之外，檢視先前立院會期通過的法令，更可以發現非營業基金、行政法人，儼然已經成為各部會爭相推動項目，去年通過的《原住民族語言發展法》，第27條規定設置原住民族語言研究發展基金會，客家基本法則授權成立「財團法人客家公共傳播基金會」，目的只是為了辦理客家電視與客家廣播，和同為公共廣播的公視基金會，已經是一個獨立於文化部運作的財團法人。
然而，上述不斷增生的行政法人與非營業基金，有不少與現行組織明顯疊床架屋，以文化部研議成立的行政法人文化策進院為例，其扶助獎勵之文創產業，和文化部下轄的國藝會、國家電影中心等，其實有高度重疊，國藝會在文建會時代，政府訂定《國家文化藝術基金會設置條例》，捐助60億元作為本金，並且獲得民間企業捐助，去年底立法院才修正《國藝會設置條例》，將政府編列預算之捐贈列為收入來源。
