一九二九年九月，漢娜和古恩特．史騰結婚。儘管兩人一生都是好友，這段婚姻卻很快畫下休止符。他們分居，並在一九三七年簽字離婚。漢娜對海德格保持忠誠，從來沒向古恩特提起這段情。當古恩特語帶憂心談起他們老師反動的政治立場，以及師母公然反猶態度時，漢娜不予採信。不但如此，她還向海德格擔保，「我們的愛情是上天對我的賜福」。有一次，她還躲在一旁窺看他登上火車。之後她描述內心感受：「孤寂，徹底的無助。一如往常，對於一切，我總是無能為力，無法可想……只能等待，等待，等待。」
（漢娜與第一任丈夫古恩特）
這段苦苦等待期間，漢娜與古恩特維持婚姻關係，也開始為納粹勢力與反猶太思想的興起而憂心，於是她一頭栽進研究，撰寫拉赫爾．瓦倫哈根（Rahel Varnhagen）的傳記；瓦倫哈根是十八世紀德國籍猶太女子，主持知名的知識份子沙龍聚會所。多年來，瓦倫哈根想要擺脫身上的猶太印記，但最終還是接受族群認同。一九三三年，漢娜發現新任命的佛萊堡大學校長海德格，不讓猶太籍研究生上他的討論課，冷落他的猶太籍同僚，並歧視校內猶太學生。她去函告訴他，對他這樣的行為深感震驚。
海德格激烈否認所有指控，憤怒的回信指責責備他的人是忘恩負義。他確實幫助兩名猶太裔同事，用他的話來說，這兩位學者是「猶太人當中較好，人品足堪作為典範」；他替自己的猶太裔研究助理威納．布羅克（Werner Brock）在英國劍橋大學找到研究員職缺。海德格甚至禁止學生在校園張貼題為「對抗非德意志精神」的反猶太海報。但是漢娜早已得知，海德格已經加入國社黨，還在校長就職典禮發表支持希特勒的演說。一九三三年，雅斯培問海德格，像希特勒這樣殘酷而沒有文化教養的人，如何治理德國？他給了令人震驚的答案：「文化無足輕重。只要看看他那雙神奇的手。」在此同時，古恩特因為左派立場被迫離開德國，漢娜則被關進警察局拘留令人恐懼的八天，警方訊問她關於德國境內猶太復國組織之事，因為她曾為這個組織效力。（她曾收留被通緝的共產黨人，不過這件事並沒受到注意。）
漢娜帶著母親避開納粹官員，悄悄離開德國。她們來到位於德國、捷克邊境的避難所，從正門進屋，由後門走出，進入捷克國境。之後她輾轉抵達巴黎，全心投入「救助猶太人的工作」。她說：「當人們因為身為猶太人而遭受攻擊，他們就應該以猶太人的身分，堂堂正正為自己辯護。」幾年後，她說這段慘澹時期心中最大牽掛是朋友在做什麼，而不是敵人的動向。
從這時開始，足足有十七年時間，漢娜沒再與海德格聯絡。一九四○年一月，她與非猶太裔的德國反抗志士海因里希．布呂歇（Heinrich Blücher）結婚。他們的關係有強烈的愛，以及思想與政治立場的和諧相知。同年五月，漢娜遭到拘捕，先是被關在巴黎體育館，隨後又被轉送往居爾（Gurs）的法國集中營。海因里希也遭到囚禁，之後獲釋。在古恩特．史騰的幫助下，這對夫妻取得美國簽證，並在一九四一年四月抵達。他們一面學英文，一面在貧窮中過生活；不久，漢娜恢復學術和寫作工作。
