賴清德在520之前陸續宣布了6波新內閣與國安人事安排，包含總統府祕書長潘孟安、外交部長林佳龍、國防部長顧立雄、國安會祕書長吳釗燮、陸委會主委邱垂正、退輔會主委嚴德發、國安局長蔡明彥、海基會董事長鄭文燦等。有學者說這是賴清德對北京釋出新政府的兩岸關係將走穩健路線、不冒進的訊息。但分析內閣名單，說賴清德釋放善意顯然無知及愚蠢，賴蕭二人本來就被大陸認定是「雙獨配」，加上吳釗燮、顧立雄也被大陸列為「台獨頑固分子」，這份內閣名單擺明就是要跟大陸硬幹到底的陣勢，何來的善意呢？
有政大某學者指出，「賴清德任命的邱垂正熟悉兩岸關係，現為海基會副董事長兼秘書長，先前又在金門大學任教，在兩岸產學界人脈深厚；鄭文燦任職桃園市府期間設立兩岸事務小組，鼓勵城市交流，從兩岸事務人事安排可以看到，賴清德穩定兩岸關係目的明顯。」但事實卻非這般，雖然從各方面看，鄭文燦確實是海基會的合適人選，但是未來主導台灣政局的一群人仍屬台獨鷹派勢力操控，或許不至於走向法理台獨，但洗腦年輕人慢慢走向獨島思維文化卻是大有可能，即使鄭文燦有心做好兩岸交流工作，恐怕也是冷衙門冷板凳，慢慢得離開賴政權的權力核心。
一般認為，鄭文燦處事活絡，對大陸沒有表現出太大敵意，也沒有太強的政治意識形態，過去還曾被視為民進黨內儲君人選，藍綠各方面的關係，都能面面俱到。無論在桃園當市長期間還是在行政院當副院長期間，鄭文燦的口碑都相當不錯，可惜因為假學歷及多次被曝光影射出入不正當場所與女性有不正常關係，導致前途夢碎，江山拱手讓給賴清德。賴清德欽點他來接掌海基會，一方面發揮了他善處人際關係的長處，便於他繼續收斂鋒芒韜光養晦以備以後再復出，一方面也能和賴清德直接對話，有利於一些兩岸事務的處理。
兩岸關係自蔡英文上任後就陷入冰凍對立，官方交流停擺，海基會和大陸海協會之間，和國台辦之間正式的交流都已經停止。海基會希望和對岸取得聯繫，不管拍發電報或是書信過去，都是「已讀不回」，電話也不接，雙方人員基本沒有什麼往來。大陸國台辦發言人在回應記者有關鄭文燦出任海基會董事長的提問時也明確指出，「九二共識是兩岸關係發展的政治基礎和台海和平穩定的定海神針，是海協會與台灣海基會授權協商和聯繫機制的前提。」「無論什麼人擔任台灣海基會負責人，兩會協商機制能否恢復，關鍵在於台灣當局是否承認體現一個中國原則的九二共識，承認兩岸同屬一個國家、一個民族的基本事實。」
因為民進黨把台獨寫進了自己的黨綱，以建立「台灣共和國」為最高政治理想，是個百分百的台獨政黨，和中國大陸的政治立場之間存在根性矛盾。在處理兩岸事務時，民進黨想就事論事，不受這個根本性框架制約，趁機偷渡自己的台獨主張，造成台獨既成事實；但是中國大陸的邏輯是綱舉目張，必須先明確兩岸關係的性質，兩岸才可能談別的。 （相關報導： 風評：賴清德值得多大期待？ ｜ 更多文章 ）
賴清德新任命的內閣成員中吳釗燮、顧立雄都是登上大陸台獨黑名單的「頑固台獨分子」，行政院副院長鄭麗君在蔡英文內閣擔任文化部長任內又是推動「去中國化」的主力首長。更重要的是，爭取台灣獨立，成立「台灣共和國」的訴求，還明晃晃寫在民進黨的黨綱之上。這種情況下，中國大陸怎麼可能恢復和台灣民進黨當局的官方聯繫？在賴清德任內，兩岸能維持目前這種僵持狀態，不衝突不打仗就菩薩保佑了，若想恢復官方來往幾乎不可能！所以，賴清德任內的海基會，和蔡英文任內一樣，也註定絲毫髮揮不了處理兩岸事務的功能。鄭文燦雖然是海基會的合適人選，卻也沒有任何意義，終究還是一個「冷凍櫃」，朝野大小事不會有鄭文燦的一點事。
