在中國，元朝是一二七一至一三六八年的官方統治家族。蒙古人忽必烈汗在上都（Xanadu）建立了元朝，這裡位於今天內蒙古錫林郭勒盟的多倫附近。忽必烈汗在位於今天北京的汗八里（Khanbalig，中文稱大都）重建了都城，他以大汗的身分，聲稱要在這裡對整個蒙古帝國行使主權，儘管長期的分裂過程此時已經開始了。雖然他們聲稱自己是一個中國王朝，而且和中國人有各種商業和其他方面的接觸，但是蒙古統治菁英從未完全漢化。他們和中國的本土居民保持距離，在行政管理、建築和許多其他服務都仰賴引進的中亞官員，這些中亞官員之中大部分是穆斯林。中國人對元朝的看法往往是負面的，他們認為元朝是一個「野蠻人」的征服政權。蒙古人在一三六八年被以漢人為主的明朝趕出了中國，在這次嚴重的軍事挫敗後，他們撤到了相對安全的草原故土上。他們加強了傳統的蒙古社會和政治結構，並不時地對明朝的軍事力量予以騷擾。防禦蒙古人進一步重新征服中國的企圖是明朝重中之重的任務，這一戰略的重要組成部分就是加固已有的長城網絡，用兼具士兵和農民作用的社區駐紮在邊境上。蒙古軍隊此後從未再對中國王權產生嚴重的威脅。
即使在明朝作為一個「中國」王朝掌權後，之前統治者的影響力並沒有完全消除。蒙古人行政管理的許多方面依然存在，包括對穆斯林中間人的任用，他們因為專業的天文學知識而在朝廷中受到特別的重視。在內部派系紛爭和農民叛亂後，明朝統治家族最終崩潰了。一支滿洲人的軍隊，也就是歷史上蒙古人在草原上的主要對手，於一六四四年「入關」，向北京進軍，建立了一個新的王朝―清朝；對中國人而言，這又是一個「野蠻人」的征服政權。成吉思汗的繼承人曾經以亞洲征服者的身分出現，但是現在卻被邊緣化，被限制在中國的邊疆。
成吉思汗長眠之地列為世界遺產
對於成吉思汗的紀念仍然是蒙古意識中的核心部分，並經常被重新喚起，為民族情感注入新的活力。在一九三○年代，歐文．拉鐵摩爾從中國前往位於黃河河套上的內蒙古鄂爾多斯地區，尋找傳說中成吉思汗的「聖所」―Ezen Khoroo（伊金霍洛，意思是主公的營帳或圍地）。在拉鐵摩爾的《蒙古遊記》中，他講述了幾個版本的關於成吉思汗之死的傳說。雖然在細節上有所不同，但是這些情節中都包括他不顧一個女人的意願而強行接近她的內容，或者至少是違反她的丈夫或父親的意願，然後被這名女子抽出藏在衣服下的匕首閹割和殺死的情節。然而，成吉思汗並不會永遠死去，而是隱遁起來療傷，以便在危難的時刻重新現身，成為蒙古人民的救星。這些故事和伊斯蘭教的十二伊瑪目派傳統中的隱遁伊瑪目，或是中世紀文學《亞瑟王傳奇》（Matter of Britain）中的亞瑟王有著相似之處。除了這些傳說之外，沒有確鑿證據可以證實他是以上述方式死去的故事，但是他的那部分傳說是一個有力的隱喻，說明了十四世紀以後繼承成吉思汗血脈的帝國（Chinggisid Empire）衰落後的蒙古人狀況。而在中國最後一個王朝―清朝（一六四四－一九一一年）建立之後，他們在中國人的手中被閹割，淪為滿洲人的附庸。
