在兩岸關係上，雖然雙方直航受到民間的歡迎，但綠營的論述也有廣大的空間，認為中國大陸對台灣未再使用武力恫嚇，但是對於壓縮台灣的國際空間並未鬆手。台灣人認為馬英九對大陸低聲下氣，有失尊嚴；綠營並指責服貿的黑箱作業，不斷質疑馬英九會出賣台灣。太陽花學運引爆了這個憂慮，卻也隱藏了不少台獨主張。但學運也激發年輕人站出來關心政治，在幾個月之後，這股熱潮更化為一張張選票。
這些年輕人的選票相當程度改變了選舉文化。例如傳統的造勢、廣告宣傳、買票等等方法不再產生關鍵作用，而網路傳播變成決定性的關鍵。這也導致國民黨基層最重要的力量│地方派系慘遭滑鐵盧。
國民黨地方派系崩潰
國民黨這次在各縣市大敗，除了百里侯被拿下之外，最嚴重的是地方派系在縣議員選舉也潰敗。這使得國民黨命脈被相當程度的斬斷。以往國民黨派系靠著地方政府預算的利益均霑和買票文化存活，這次潰敗，將使其勢力式微，連帶也影響國民黨的存亡。
以雲林為例，地方派系張派的張麗善輸掉縣長，其兄張派領導人張榮味就宣布，原擔任立委的女兒張嘉郡也不再參選下一屆立委，形同張派退出政壇。
國民黨的三大支柱搖搖欲墜，看起來前途無亮。去年十一月國民黨修改黨章確認總統「當然」兼任黨主席，讓馬穩坐黨主席直到二零一六年總統卸任為止，外界認為這是為規避今年選舉失利下台，預防反馬勢力逼宮，因此馬英九請辭後，相關黨章修正，包括召開臨時全國黨代表大會，重新選舉黨主席，預料會引起一場黨內鬥爭。目前一般認為，副總統吳敦義和新北市長朱立倫是新主席呼聲較高人選，朱人氣略勝，但這次選舉只贏對手游錫堃二萬四千多票，贏得難看，在總統之路跌了一大跤。吳敦義聲明不會參選黨主席，只願暫代黨主席三個月到新主席選出為止；朱則表示「不會逃避責任」。
後馬時代的搶位已經展開。在敗選當天，身兼國民黨副主席的台北市長郝龍斌率先請辭，外界認為這是在逼馬辭黨主席，兩天後，身為第一副主席的吳敦義也跟進，並強調他非「以退為進」，朱立倫對郝吳先後表態很不以為然，二日受訪時炮口對準郝吳，指黨主席請辭，七位副主席就該一併請辭，沒有「個別辭職」的問題。
國民黨榮譽主席連戰之子連勝文在台北市長選舉以二十五萬票的差距敗北，外界認為「大連艦隊」沉沒，連勝文輸得難堪，也連帶重創連家在大陸的份量，連戰過去訪問大陸，都被北京高層奉為上賓，即使他已無官銜，仍視之為國民黨最高代表，「連胡會」、「連習會」等一再掀起話題，大陸官員來台，都會跟連戰拜碼頭，台灣重要企業要跟北京高層攀上關係，也都透過連戰牽線，現在連家失勢，大陸是否不再像過去尊連，受各方關注。
