2018年1月16日立法院臨時會通過行政院版的《農田水利會組織通則》修正案，在民進黨多數優勢下，表決通過，完成水利會改制，水利會被改為公務機關，水利會長改為官派，多數會長還能延任，此舉嚴重破壞民主憲政法治，縱然經過在野黨、許多民眾與團體堅決反對，民進黨政府仍執意通過，讓人慨歎。
實際上《農田水利會組織通則》修法就是一場破壞制度的改革騙局，民進黨打著制度改革的旗號，號稱讓農田水利會「升格」改制為公務機關。卻僅是搶奪水利會龐大的資源，以及掌控水利系統的地方影響力。
從水資源有效利用的角度觀察，農田水利制度運行3百多年，由農民自行管理水源，有效率的分配水資源，成為我國農業發展最穩定的基礎。《農田水利會組織通則》1965年立法時，會長由會員代表大會投票選舉之；僅有在1993年至2001年間，修改將農田水利會定位為公法人，會長及會務委員改由政府遴派產生，主管機關為直轄市主管機關者，由直轄市主管機關，其他各農田水利會，由中央主管機關徵求縣（市）主管機關之同意；民進黨第一次執政之初，修訂該通則，於2001年通過第十九條之一 ：農田水利會會長改由會員直接投票選舉之，並於2002年落實直選制度。由此可見，台灣多數期間都是採用農民自治原則，當年民進黨也是堅持此一想法。然而時間才經過十多年，基本環境完全沒有改變，二次執政後，民進黨就一改當年的講法，堅持改為公務機關。其背後的目的就是要，斬斷國民黨在農田水利會的影響力，藉由官派水利會的會長，全面控制農田水利會的資源，成為其地方選舉的重要樁腳。
大法官釋字第 518 號解釋文指出，農田水利會係秉承國家推行農田水利事業之宗旨，由法律賦與其興辦、改善、保養暨管理農田水利事業而設立之公法人。凡在農田水利會事業區域內公有、私有耕地之承租人、永佃權人，私有耕地之所有權人、典權人或公有耕地之管理機關或使用機關之代表人或其他受益人均為當然之會員。其法律上之性質，與地方自治團體相當，在法律授權範圍內，享有自治之權限。本次修法不顧這些具私權性質「慣行」，不尊重法人自治的精神，強制將農田水利會修成行政機關、會長官派，已違反釋字518號解釋之精神。 （相關報導： 孔令信觀點：陳師孟為扁翻案，扁給李登輝拜壽─小英司改破功 ｜ 更多文章 ）
其次，就會長任期體制論之，為了要降低反彈的聲浪，民進黨竟然想出讓水利會會長延任的想法，也就是在改制分兩階段辦理：第一階段先停止會長、會務委員選舉，將全台15個水利會會長及會務委員任期由2018年5月31日，延長至2020年9月30日，與台北市農田水利會同時任期屆滿，於2020年10月再行一起改制。全台灣總共有17個水利會，按照其規劃，有15個水利會會長及會務委員任期可多了2年4個月，其中還有13個水利會的會長已經連任，無法再行參選，平白無故多了這麼長的任期，怎可能會反對水利會改制方案? 會長及會務委員按照《農田水利會組織通則》有固定的四年任期，民進黨政府為拉攏現任的會長及會務委員，竟然修法延長15個農田水利會的會長及會務委員的任期，已經超過當初會員選舉時的授權，任期延長2年4個月，完全不具民主正當性。即使要制度改革，可不容任意延長自治團體主管的任期，今年任期屆至的水利會會長及會務委員理應按期改選。
