醫生們還報告了有胃腸道問題的長期症狀病例。最近一項研究顯示，在某些新冠患者的糞便和腸道內壁中發現了一種名為SARS-CoV-2的新冠狀病毒，這表明這種病毒可以感染並破壞腸道細胞。腸道中有高密度的ACE2受體，這是一種存在於細胞表面的蛋白質，SARS-CoV-2病毒利用它來滲入細胞。
悉達斯西奈醫療系統（Cedars-Sinai Health System）的胃腸病學家和衛生服務研究主任斯皮格爾（Brennan Spiegel）表示，新冠病毒還可能導致腸道菌群發生變化。他的患者曾在感染新冠數周或數月後出現腹痛和腹瀉。
家住印第安納州的律師摩爾3月感染新冠，4月底病情開始好轉。「我以為我戰勝了這玩意兒，欣喜若狂。」摩爾說，5月，她的新冠病毒抗體檢測呈陽性。
當月，她的健康狀況急劇惡化，心動過速，血壓波動，讓她飽受折磨。這些症狀後來有所改善，但她腸胃仍有問題。最近檢查發現，她胃粘膜有炎症。法莫替丁、抗組胺藥和禁食乳製品都有一定的緩解作用，但記憶障礙等症狀仍然存在。
「我覺得必須採取些什麼行動，」她說，「因為我還沒準備好接受這樣的新現實。」
位於芝加哥的西北大學醫學院（Northwestern Medicine）神經新冠診所在進行一項研究，她參加了這項研究。這家醫療機構是全美致力於為新冠患者尋找解決方案的幾家機構之一。
研究人員表示，某些症狀可能是急性感染期間身體免疫反應造成的間接傷害。他們說，有些患者的身體裡可能有無法檢測到的傳染性病毒庫，或者在某些細胞中含有少量非傳染性病毒，這些細胞會引發免疫反應。
研究人員表示，另一種可能是，這種病毒會導致某些人的免疫系統攻擊並破壞自己的器官和組織。6月一項研究發現，29名住院的新冠重症患者中，約有一半存在一種或多種自身抗體，這些抗體會錯誤地瞄準並攻擊患者自身的組織或器官。
有些研究人員和醫生說，醫生表示，有些患者似乎出現了自主神經（又稱植物性神經）異常，或自主神經系統功能失調。自主神經系統是神經系統中調節呼吸、消化和心率等非自主功能的部分。
紐約西奈山衛生系統（Mount Sinai Health System）的康復創新主任普特里諾（David Putrino）表示，該醫療中心的300多名長期新冠患者中，大多數人似乎都出現類似自主神經失調的情況。約90%的此類患者稱有運動不耐、疲勞和心跳加快的症狀。約40%至50%的患者稱還有胃腸道問題、頭痛和呼吸困難等症狀。
