推動「地方黨部主委直選」，是多年來國民黨內的議題，意外在去年成為挺吳派與挺洪派對峙的焦點，地方黨部主委直選在第十九屆全代會闖關成功，前國民黨主席洪秀柱主張分階段進行，國民黨主席吳敦義則是主張全面直選。不過，如今黨部主委直選政策上路卻是分階段舉行，讓不少挺吳派私下直言：「我是挺吳，但主委不直選我無法接受。」
以台北市為例，7月底、8月初一度傳出台北市將排除在第一階段直選名單，讓有意參選主委的挺吳派、台北市議員鍾小平十分不滿，在8月初排定審議主委直選辦法的中常會，動員要前往黨中央抗議，經過協調之下才暫緩，台北市也確定列入直選名單之中。
北市黨部主委爭奪戰 蔡令怡勸進前北市民政局長黃呂錦茹，對上鍾小平
不過，據了解，吳敦義夫人蔡令怡又私下勸進與里長關係不錯的前台北市民政局長黃呂錦茹出面角逐台北市黨部主委，意圖要拔鍾小平的樁，同時，與蔡令怡友好的青溪婦聯會系統，也全力挺黃呂錦茹，這場現任市議員與前民政局長的陸軍之戰，從過去府會合作到競爭關係，相信精彩可期。
另外，像是新北市黨部主委直選，雖然檯面上沒有太大紛爭，但其實也有一些隱憂。挺吳派的前三重市長李乾龍被派任新北市黨部主委，並在吳敦義與朱立倫共同接受下，可望順利在新北市黨部主委選舉勝出。
吳朱支持李乾龍任新北黨部主委，周錫瑋不滿
不過，這個吳朱共決的結果，讓與吳敦義友好的前台北縣長周錫瑋不滿，日前在新北市黨部主委佈達典禮時大鳴大放，也勾起周、李十多年前爭取縣長提名的那一段恩怨情仇。
據透露，國民黨低調在新北市黨部舉辦佈達典禮，僅邀請新北市議會黨團、29區代表與幾位三重的里長，新北市府也僅市長朱立倫一人獲邀，由副市長李四川代表出席，周錫瑋透過市議會副秘書長楊義德表明要出席佈達典禮。
周錫瑋當著黨副主席兼秘書長曾永權的面說：「（黨中央）應該把我們這些人全部找去，黨中央好好來整合。」周也說，黨中央應該把對的人放在對的位置去戰鬥，希望黨中央主動找這些人去座談、溝通與整合。不少與會者聽出周不滿吳的弦外之音。周金日馬禾金日
不只在雙北，在雲林縣、彰化縣也有類似的問題，雲林縣長李進勇、彰化縣長魏明谷的政績普通，都有同黨同志在當「拉拉隊」，對國民黨來說，都是可以一拼的縣市，但也各自有隱憂。
雲林縣黨部主委，張派內爭
前雲林縣長張榮味的張派，雖與吳敦義友好，但不支持吳敦義選黨主席，而是力挺早先一步允諾支持的副主席郝龍斌，反而是同屬張派的雲林農田水利會長林文瑞力挺吳敦義，林文瑞也獲吳敦義指派出任縣黨部主委，雲林未在首波主委直選的規劃中，讓林文瑞可以順勢積極佈局2018年縣長選舉。
據了解，張派原本樂見林文瑞參選縣長，但希望林文瑞可以專心佈局縣長選舉，不要介入明年4月的農田水利會長改選，但林文瑞堅持推派接棒人選，讓張派頗為不滿。地方人士說，雖然雲林縣黨部主委若吳敦義無法解決雙方矛盾，這對明年雲林縣長選舉將埋下不小變數。 （相關報導： 國民黨全代會》地方黨部主委直選通過 預計11月交接 ｜ 更多文章 ）
彰化縣的部分，吳敦義留任與彰化謝家關係不錯的縣黨部主委張曼莉。地方人士說，鄭汝芬家族有實力一戰，與謝家素有恩怨的前縣長卓伯源與吳敦義的關係也十分緊密，再加上國民黨在彰化唯一一席立委王惠美也有意一戰，錯綜復雜的關係仍待吳敦義化解。
