誰將解釋與運用香港這些新的政治法律規範？會是由一般法官組成的普通法院，包括《香港基本法》允許擔任香港特別行政區法官的許多外國人嗎？香港律政司司長鄭若驊的言論極令人擔憂，這表示國家安全法很可能設立特別法院審理相關案件，而那樣是否能確保香港一直引以為傲的司法公平、公正、獨立？
香港大律師公會最近的相關聲明強調，國家安全法下罪行的檢控「應嚴格按照香港特別行政區的刑事程序來處理」，一般的審前保護將惠及國家安全法嫌犯嗎？人身保護令？保釋？不自證己罪特權？有權及時諮詢辯護律師？與指控人對質及交叉質詢的權利？
重大罪行是否將繼續由陪審團審判？什麼情況下會拒絕公開審判？習慣法證據規則會獲得遵守嗎？有鑑於北京當局以往在中國的紀錄，如何能相信當局將遵守其聲稱的無罪推定原則？限制量刑的傳統規則呢？儘管被告缺席也允許審判進行嗎？與當前的保證相反，法官是否會收到指示，允許國家安全法適用於該法頒布前的行為？
香港律政司司長向大眾保證，她的部門將繼續按照慣常的標準提出起訴。然而，甚至在中國全國人民代表大會提出決定前，香港大律師公會主席在內的專家就批評其部門長期對警察提出起訴的要求採取呆板方式，而不是適當行使可減少起訴案的檢察官裁量權。國家安全法的案件會面臨不同待遇嗎？
根據現已退休的香港刑事檢控專員江樂士（Grenville Cross）對預期的國家安全法的有力辯護，外界可以略知國家安全法起訴案件可能達到的程度，舉例來說，如果香港本地組織支持那些在政治上遭中國本土禁止的組織，而他期待在香港支持（透過繳會費？參加會議？倡導？）這些香港本地組織的民眾也可能受到起訴，而這與親政府人士讓人寬心的說法相去甚遠，這些人士聲稱政府起訴將集中於暴力示威者與故意破壞者，而這些行為原已受到現有法律規範。
香港中學生繼續唱去年抗爭最愛的《願榮光歸香港》會構成刑事的分裂國家罪嗎？媒體、民主派政治人物、大學教授、非政府組織批評國家安全法是不是「顛覆國家政權」？和平抗議者拒絕受逮捕會不會被視為「恐怖主義」行為，而不是被視為輕罪？外國慈善基金會援助當地公民團體會構成可被提起公訴的「外部勢力干預」嗎？當然，「外部勢力干預」將不僅限於中國當局經常聲稱卻未獲證明的美國中情局（CIA）間諜或台灣間諜。我是否敢在香港外國記者會或香港大學發表關於中國侵犯人權的演講？
儘管香港國家安全法引發關於立法及司法的疑問，但毫無疑問，這部即將頒布的法律主要法外特徵是在香港公開設立中國秘密警察辦公室，到目前為止，這些秘密警察一直不得不在香港背地運作，而比起立法制度與司法制度的變化，這可能對香港社會造成更大的脅迫影響。儘管這個黨國持續極不透明，但仍有大量證據顯示中國國家安全機構成功威嚇中國十四億人口。
