（五）若認為該等事務為政府職權或施政所必須，何不納入公務體系？
蔡政府整個草案新增的部份，雖然只有少數幾條，但卻充分暴露政府仗勢霸凌的跋扈氣焰。過去政府捐助成立的財團法人種類多樣，有的充當政府涉外事務的白手套，有的扮演部份政府的職能，有的則純屬公益目的而不需太多政治的色彩，但本法對於政府管控財團法人的力道，卻毫無差別。我們必須問的是，政府目前已經有相當多的工具可以管控政府捐助的財團法人（包括徹些登記許可，提請法院解散等），再加上法院的雙重把關，為何還要加強監督？如果財團法人的功能如此重要而必須由政府在監督權之外予以更強力之管控，其顯然已為政府功能與角色所不可缺者，那應該透過設立行政法人，或甚至將此法人之組織與功能納入政府公務機關體系之中。否則既要強力控制，卻又不納入政府部門之中，難免讓人覺得有規避法規限制與外部監督（包括立法院、監察院等監督）之嫌。
（六）球員兼裁判。只強化行政內部之監督，外部監督原地踏步
此草案對於財團法人的監督，無論是政府捐助成立或是民間成立的，無疑均是更為強化的。這對於財團法人低度管制的現況，確實有若干正面意義。不過對於政府捐助財團法人的監督，主要限於行政權的內部監督機制；政府一方面強化財團法人各方面的監督，另方面又強化其捐助財團法人的實質控制，形成球員兼裁判的狀況。
在外部的國會監督部分，此草案與馬政府時期版本一致，均沿用現行預算法第41條第3項（「各部門投資或經營之其他事業及政府捐助之財團法人，每年應由各該主管機關就以前年度投資或捐助之效益評估，併入決算辦理後，分別編製營運及資金運用計畫送立法院。」）、第4項（「政府捐助基金累計超過百分之五十之財團法人及日本撤退臺灣接收其所遺留財產而成立之財團法人，每年應由各該主管機關將其年度預算書，送立法院審議。」）與決算法第22條第2項（「政府捐助基金累計超過百分之五十之財團法人及日本撤退臺灣接收其所遺留財產而成立之財團法人，每年應由各該主管機關將其年度決算書，送立法院審議。」）等規定。對於低於50%卻受政府實質控制的財團法人與投資事業，卻仍缺乏有力的外部監督，反而形成監督上更大的漏洞。
此外，另一層次的問題在於政府轉投資事業的子公司或孫公司，雖然受到政府直接或間接控制，但是更是國會難以監督介入的領域。例如政府可以實質掌控的華航，政府除交通部透過「財團法人中華航空事業發展基金會」持股約34%，還有中華電信、行政院開發基金與勞退基金，泛官股共持有近五成的股權，可以控制華航的人事，但華航的預算卻不受立法院直接的監督。類似的案例不勝枚舉，但在本草案中也都沒有提出更好的解決方案。
