武漢肺炎疫情持續升溫，國內6日新增2例境外移入案例，全台目前共13例確診，針對全台防疫工作，台北市長柯文哲表示，自己從醫界出身，對台灣的醫療體系很有信心，像之前非洲豬瘟爆發，至今仍未傳入，就顯示「台灣的防疫做得不錯」，大家不用太過擔心。
柯文哲6日出席「新春TAIPEI-創新便民、迎向未來座談會」受訪時表示，台灣的醫療體系跟全世界比起來好很多，自己是醫界出身，對台灣醫療系統相當有自信，到目前為止，台灣的防疫工作都做得不錯，即使先前被美國預計會成為中國之外的「第二慘」，至今仍防守的很好，要繼續努力。
對於中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中日前在記者會上落淚，柯文哲則回應，處理防疫工作壓力一定大，但大家要對我們的醫療體系有信心，若日後國安會議啟動，當年SARS爆發時的衛生署長，就是現在的副總統陳建仁，算是很有經驗，呼籲民眾不要過度緊張。
另外，針對返台包機名單引發爭議，柯文哲則表示，兩岸之間應要互相信任與溝通，我們的敵人是武漢肺炎，而不是在自己同胞裡面起內鬨，柯文哲隨後更再次稱讚我國防疫體系，表示依照台灣與中國往來密切的程度，目前還能封鎖住疫情，「覺得了不起」。
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