武漢肺炎疫情延燒，而滯留在中國當地的台灣民眾4日也搭乘首班包機返台，不料卻引發搭機名單的爭議，甚至原先規劃應優先返台的短期出差者、慢性病患者等民眾，卻幾乎沒有搭上首班飛機，引發外界熱議。若有民眾在當地確診感染武漢肺炎，「醫療包機」也成為討論的議題。其實台灣早在2009年時，就曾以「醫療包機方式」將感染H1N1新型流感的民眾，從南韓接回台灣的經驗。
滯留武漢的台灣人4日晚以「春節包機」的模式返台，陸委會5日下午也由副主委邱垂正提出3大原則，來因應後續可能要面臨的包機狀況，希望未來能在台灣人回國時，包括名單確定、防檢疫工作都能再強化。
「醫療包機屬於商業模式，較不涉及敏感主權問題」
對於萬一滯留湖北省的台灣人感染武漢肺炎後要如何回台，據指出，2009年時的相關做法，也會是未來參考的執行方向，同時醫療包機屬於商業模式，因此較不涉及敏感的主權問題，不過現階段談論此事還太早。
2009年8月，台灣赴南韓參加管樂節的學生疑似感染H1N1流感，遭到南韓政府隔離在濟州島東北部的度假村，最後有15名台灣學生確診。當年政府將參加管樂節的台灣師生們分成「確診病例」、「未有發燒症狀」2團，最後以2架復興航空班機，讓台灣師生搭包機返台。當時飛機上，也同步有疾管局防疫醫師、檢疫官陪同進行照護與觀察狀況。
