1993年11月20日，在美國西雅圖舉行的亞太經合組織（APEC)會後記者會上，中國國家主席江澤民強調「一個中國，臺灣是其一省，那一個中國就是中華人民共和國。」對此說法，中華民國總統特使江丙坤被迫回應「在將來『一個中國』為指向的目標下，採取階段性的兩個中國政策」。江丙坤會如此回應，是因為中華民國外交部事前曾給江丙坤一特急密電，指出「中華民國自1912年肇建即為一主權獨立之國家，而中華人民共和國成立於1949年亦自稱為主權國家，據此，國際間顯已存在各擁有不同數目外交關係且互不隸屬之兩個主權國家，故中華民國及中華人民共和國實為一個中國（歷史或地理之含意）下互不隸屬的兩個主權國家，乃不容任何人否認或能予無視之事實。」中華民國外交部進而強調「中華民國與中華人民共和國為『中國』（歷史或地理）境內互不隸屬之主權國家，在統一條件成熟前，我政府目前所採者可謂以將來『一個中國』為指向之階段性之兩個中國政策。」可見，在1999年7月李登輝提出「特殊的國與國關係論」之前，中華民國外交部早在1993年11月就明確提出中華民國與中華人民共和國為「互不隸屬之兩個主權國家」。中國國臺辦立刻反對江丙坤這種「以兩德模式為例的分裂國家理論」。
1996年3月中華民國總統大選前夕，中國不斷文攻武嚇，即使如此李登輝仍然高票當選中華民國首任直選總統。李登輝在5月的就職演說中特別澄清自己的立場不是臺獨：「中華民國本來就是一個主權國家。海峽兩岸沒有民族與文化認同問題，有的只是制度與生活方式之爭。在這裡，我們根本沒有必要，也不可能採取所謂『臺獨』的路線。」在這篇演講中，他重申「追求國家統一的歷史大業」。
相對的，中國只要一有機會，便會對外強調其「一個中國原則」，並且採取強硬的手腕，迫使他國對臺施壓。在中國的逼迫下，1998年6月30日，美國總統柯林頓在上海宣布「新三不」政策，即「不支持『兩個中國』或『一中一臺』、不支持臺灣獨立、不支持臺灣加入具有國家主權性質的國際組織」。柯林頓向北京讓步、明白提出不利臺灣國際地位的「新三不」政策後，美國政府的智囊紛紛提出「中程協議」（interim agreements ）之類的建議，對臺灣造成相當大的壓力。因此李登輝於1998年8月在國安會下成立「強化中華民國主權國家地位」小組，研究突破中美聯手限制中華民國國際地位的方法。李登輝召集蔡英文、張榮豐、林碧炤、陳必照、許宗力等多位法政學者參與研究。1999年5月，該小組提議以「特殊的國與國關係」為兩岸關係定位，小組報告經國安會秘書長殷宗文，轉呈李登輝。
