法務部長蔡清祥上任1年2個月，廣為人知的，其實是他在2016年成為首位檢察官出身的調查局長；而在法務部長任內，又面臨牽涉國安的「私菸案」重大危機，蔡清祥接受《風傳媒》專訪時數次強調，調查局應是「國家的調查局」的理念，不為政黨服務。
2016年8月蔡清祥被蔡政府拔擢，成為第一位檢察官出身的調查局長，當時媒體曾用「意外」來形容這個人事。蔡清祥提到，當時他從檢察體系到另個體系，「確實不容易」。
調查局扮演國家情報工作機關的特殊角色，有國安維護和犯罪調查2大主要工作，檢察官出身的蔡清祥多次強調「專業」領導，自己有偵查犯罪經歷，而過去在各地甚至外島的地檢擔任檢察長、參與地區安全會報，則藉以學習吸收國家安全面向。
蔡清祥坦言，自己剛上任局長時，這個外來人確實會面對質疑和測試，但他以誠意和專業說服，帶領部屬辦案。他不誨言，調查局人才培育確實有面臨斷層問題，但他找人才，沒有刻意區分內部或外部，目標都一致，就是要強化「國家的調查局」，只有從國家安全、社會安定來考量。
「國家的調查局」 蔡清祥：效忠國家，而非政黨
「調查局效忠的是國家，而非政黨；服膺的是真理，非權勢；遵循的是法律，而非情感。」蔡清祥強調，他上任調查局長提出的3大目標，要讓調查局走向國家的調查局、法治的調查局、服務的調查局，而後他又提科技的調查局，因應科技進步，在辦案和情報蒐集要強調採用科學方法。
蔡清祥認為，在扮演此國家調查員角色，要有國家觀念從事此工作，做的是國家安全、社會安定追求人民福祉，不是從政黨。
身為政府情治機關，「國家的」調查局何以需要被特別強調？蔡清祥解釋，外界可能還是對調查局有少數偏差的誤解，我國調查局最初成立於國民革命軍北伐時期，國民黨為情勢所需而成立的情報調查組織。
當時國民黨是唯一政黨，蔡清祥說，如今已幾度政黨輪替，單一政黨不是永遠，所以調查局要為國家服務，「尤其現在調查員錄取已是經由公開招考、訓練後才分發，也秉持中立，以國家觀念從事調查工作。」
辦私菸案不被鼓勵？蔡清祥：辦案不是為了受鼓勵
蔡政府鬧得滿城風雨的「私菸案」，是蔡清祥在部長任內至今，調查局新聞版面最多的案件，然而牽涉國安及總統府層級，也引來「小弟辦大哥」等議論。
當記者問到，查察私菸案的過程中，似乎並未受到鼓勵的感覺？蔡清祥正色表示，「辦案不是為了受鼓勵」，而是他們的職責所在，應該怎麼辦就要怎麼辦，就事論事，而且沒有對象層級、職業、身分之分，「這是為什麼『國家的調查局』應被肯定」，調查局就是應該客觀、公正。
對於外界傳言調查局針對私菸案調查內部是否涉洩密，蔡清祥也嚴正否認，「沒有違反偵察不公開，也絕對沒有洩密的情事」，外界不了解狀況也許有猜疑，但因為這是犯罪調查的案件，一切要依法。蔡清祥說，因為新的《偵查不公開作業辦法》最近才公布實施，規定確實趨嚴，也被媒體抱怨，大家都不敢去做。 （相關報導： 專訪》「政治偵防已是歷史名詞！」法務部長蔡清祥2020大選新課題 鎖定假訊息戰和境外資金 ｜ 更多文章 ）
執政黨近日的另個爭議事件，就是民進黨立委陳明文的300萬事件，法務部次長蔡碧仲的評論也惹議。蔡清祥則表示，個案已是交由檢察官處理，他不會對個案做任何表示，若有在野立委認為在洗錢防制等法規不夠嚴謹明確，認為有必要調整，法務部也一定會研究。
