庫克的探險史詩不乏爭議。近年來，隨著去殖民化與原住民意識的興起，愈來愈多學者或文化界人士挑戰傳統的官方版本敘事，重新檢視庫克的英雄形象。庫克航行抵達玻里尼西亞與澳洲東岸，從歐洲的視角來看是「發現」；從當地原住民的立場，卻標誌著此後歐洲人大舉入侵、殖民，並徹底改變傳統社會與文化的開端。本書開頭舉兩幅不同時代的畫作為例，正好顯示兩種史觀的強烈對比：繪於二十世紀初的《1770年庫克船長在植物學灣登陸》，是大英帝國移民開拓敘事的延續；而二十一世紀戲仿前作的《在這裡，我們稱他們是海盜》，則把自詡文明開化的西方「發現者」狠狠嘲諷了一番。
庫克是探險英雄還是西方帝國主義者殖民的先鋒？這是至今各界仍爭論不休的問題。光是導致庫克在夏威夷喪生的那場衝突，無論是在場目擊者的證詞或後人的描述，就眾說紛紜：有人將庫克描繪成盡力維持和平的調停者；也有人將庫克描繪成在最前方率領攻擊的人。身為皇家海軍的軍官，庫克鞠躬盡瘁地執行探索任務，無可否認是為了英國的利益。庫克本人未能親身參與大英帝國後續在太平洋的勢力擴張，然而跟隨在探險家腳步後的，往往是商人、傳教士與殖民者。庫克身後不到數十年，英國在大洋洲建立了數個殖民地，最終形成現代國家澳大利亞與紐西蘭。
從全球史的脈絡來看，庫克的科學探索並非純粹為了求知，還牽涉軍事、貿易以及地緣政治上的戰略利益。十八世紀的太平洋是西班牙帝國的勢力範圍；馬德里掌握了從美洲到菲律賓跨太平洋的貿易航路。為了挑戰西班牙，英國希望能在地圖上仍是一片空白的南太平洋尋求機會。這是庫克探索任務的重要背景。我們從書中可以了解，倫敦皇家學會與海軍部同時是庫克航行的推手，各自有盤算的目標。以金星凌日的天文觀測為例，皇家學會希望能藉此測定太陽與地球間的距離，拓展對宇宙的認識；海軍部則希望這些天文數據有助於解決測量地球經度的問題，以增進遠洋導航的精確性。更別提沿途的地理探索──尋找未知的南方大陸或西北航道──這些地理知識背後的戰略價值了。
庫克不是第一個抵達南太平洋或大溪地的歐洲人，然而其團隊在太平洋的長期停留，並對玻里尼西亞地理、人文與自然環境的詳細調查，是之前的歐洲探險隊前所未有的。這歸功於任務前的縝密計畫，以及隨行的科學團隊。這個團隊包括博物學者、天文學家，甚至畫家。帶領一群或許是「文弱書生」的科學團隊遠渡重洋，還要在荒野異地中求生存、與當地居民打交道，非常不容易。庫克傑出的領導統御、航海、測量與製圖技能，使他成為能勝任的人選。沒有英國政府與皇家海軍的資源，也無法支持三次遠航。國家（以及技術與商業）力量與科學研究互助結合的「大科學」（Big science），在庫克之後的科學探索任務愈來愈常見，從阿波羅登月到人類基因組計畫，無不是交織了複雜的社會與國際網絡。
