特勤人員透過總統出訪返抵國門之際，欲夾帶萬條免稅菸闖關，但遭早已鎖定的調查局、關務署攔截，全案曝光。案發當日國安局長、總統府侍衛長雙雙去職，總統府27日公布第二波懲處名單，其中包括改調陸軍司令部委員的前侍衛長張捷中將被記一大過、兩小過，代理侍衛長的副侍衛長柳惠千少將被記一大過、一小過，永和警衛室主任林國欽少將被記一大過，總統府侍衛室警衛主任陳逸夫少將同樣也被記一大過，層峰展現整飭國安系統的決心，相關單位的高層和幹部雖未落馬，但也中箭。
除這「一中三少」被記過外，次一級的內衛組、警情組、侍從組三名上校組長同樣被記一大過，自此侍衛室上至中將侍衛長，下至上校組長，可說是所有高階幹部均被懲處。有熟悉特勤運作的人士分析，從這次府方公布的名單，可以看出組長以上幹部均受大過以上處分，「管理幹部都被檢討」，但這也凸顯侍衛室編制在總統府的這個「事實」，所以由總統府發布相關懲處名單。
該人士進一步認為，今年上半年，前警衛主任曾維聰少將被調職回軍，是因為品德操守出問題，和這次情況並不相同，這次相關幹部雖然暫時「留校察看」，但也因為受到這樣的處分，這幾年要再往上晉升，「只能說會有難度。」而若以總統提到的「除弊、革新」來看，未來針對元首出訪，侍衛室、交通部、關務署、華航都必須檢討精進。國安局的當務之急，就是如何有效管理侍衛室和總統、副總統警衛室等，這個部分就是新任國安局長邱國正得費思量的地方。
檢視目前兩波懲處名單，國安局長等同於全國國安人員的大家長，直接負成敗責任，而總統府侍衛長連同今日公布的副侍衛長和兩名少將主任、三名上校組長，全都是總統侍衛的直屬長官，因此難逃被懲處的命運。不過由於目前還有所謂的「50人名單」，總統也要求國安局下周提出檢討報告，會不會有第三波懲處，只能說機會不小。
國安局特種勤務中心負責維護正副總統及其家屬、卸任正副總統與正副總統候選人安全，指揮官由國安局長擔任，下設兩名中將副指揮官，其中一位由侍衛長兼任，另一位則為專任副指揮官。此案兼任副指揮官的侍衛長張捷已遭調職，第三波懲處矛頭會不會指向專任副指揮官周廣齊中將，外界關注。
儘管特勤中心日常難以指揮調度侍衛室運作，但道義上恐怕仍會受到波及。此外，在張捷去職後，總統府侍衛長由副侍衛長柳惠千暫代，原本柳惠千可望隨著總統出訪結束返國，張捷調升陸軍軍團級指揮官後，出任侍衛長一職，成為空軍最年輕的中將，如今反而變成因案暫代，即便尚有真除機會，但被記一大過一小過之後，可能性亦大幅降低。
