教育部已經成為臺灣教育的亂源，這是許多教育界工作者共同的感慨。亂源之說源於2016年高等教育工會，認為教育部誤以私校為私產，對於私校董事會財務、人事上採取放任態度，造成私校治理的亂象。隨後學者周平抨擊教育部濫用KPI績效指標，全面監控大學中的教學、研究、服務和學習，扭曲教育的價值；法制學者林騰鷂則認為教育部違憲全面獎助私校，不要求「董事會確能寬籌經費」，違反私校興學的良意。不論如何，過去教育部在蔣偉寧學術倫理事件、高中課綱爭議、臺大校長管中閔案件、教師法修法，不斷引發的社會風暴不僅反映了部份教育官員的失職，也呈現教育治理的失能。
教育部做為中華民國的教育最高主管機關，目前設國民及學前教育署、體育署以及青年發展署，國民及學前教育署主管公私立學前、國中小、高中職、特殊教育學校相關業務，體育署主管全國體育政策與事務，青年署規劃全國青年發展政策與業務，後兩者是由體委會、青輔會兩個委員會整併而來。高等教育業務則分散於更下一層級的高教司與技職司，可以看到教育部會組織缺乏國家高等教育的專屬機關，無法與時並進，回應當前高等教育的問題。
教育部改革的選項之一是仿國際教育行政組織，將高教司與科技部合併、技職司與勞動部合併，成為新的科技與高等教育、技職與勞動部。英國自1964年工黨政府上台，即將教育部與科學大臣職責合併，2017年分設兒童學校和家庭部，負責英格蘭地區19歲以下兒童的教育和保護，並將成人教育、繼續教育和高等教育職責移交給創新大學和技能部。日本的文部科學省是在2001年由原文部省及科學技術廳合併而成，負責統籌日本的教育、科學、學術、文化與體育等事務。
從國際教育組織的變革，可以看到高等教育與研究創新為一體兩面，高等教育與科技部合併有助於提昇高等教育的行政位階，避免之前教育部行政干預研發事務，以五年五佰億越界補助頂尖大學的缺失，有助於高教與國家科技政策緊密結合，推昇國家的競爭力。而技職司與勞動部合併，則可以有效結合技職與就業市場，活化當前僵固的技職大學制。
其次，這個合併也助於教育部進行人事改革，減少過去教育行政的人事壟斷，彌補初教主管思維對於高等教育治理能力之不足。透過強化教育主管專業的提昇，有助於重建大學做為創新思維的基地，強化大學與研發、產學合作之關連性；藉由結合勞動專業的視角，有利於技職與就業市場整合，建立彈性化的新技職學制。
不同於幼教、初教、中教為國家義務教育，高等教育肩負國家研究創新的重責，如何因應當前臺灣國家社會需求，重整高等教育體系為當務之急。
高等教育千瘡百孔，改革需要從教育部的組織調整開始。 （相關報導： 戴伯芬觀點：高教階級固化的危機 ｜ 更多文章 ）
＊作者為輔仁大學社會系教授
