《欽定藏內善後章程二十九條》第一條：「大皇帝為求黃教得到興隆，特賜一金瓶，今後遇到尋認靈童時，邀集四大護法，將靈童的名字及出生年月用滿、漢、藏三種文字寫於簽牌上，放進瓶內，選派真正有學問的活佛，祈禱7日，然後由呼圖克圖（注：藏傳佛教高僧）和駐藏大臣在大昭寺釋迦佛像前正式掣籤認定。」
阿嘉仁波切：「清朝政府看到我們西藏有個習慣，用糌粑做的面球放到碗裡頭，這樣搖搖搖出來。看到這個以後呢，就是說達賴喇嘛和班禪喇嘛要比那個要珍貴，放到一般的碗裡頭不好，就說放到那個金瓶裡頭去抽。」
其實，這不僅僅是一個轉世靈童認定方式的變化，更重要的是，朝廷駐藏大臣因此享有與藏人同等的認定轉世靈童的最高決策權，外來勢力已經有權干預藏人宗教中最高的核心事務。
中國西藏問題學者王力雄認為，那時的西藏儘管表面上對中國作出臣服的姿態，但是這種臣服僅僅停留在名義上。事實上，在歷任班禪喇嘛的遴選中，只有第八世班禪喇嘛和第九世班禪喇嘛是由金瓶掣籤選出的。
19世紀末，隨著清朝自身的衰落，其對西藏的控制也日漸式微。到了中華民國時期，第十世班禪喇嘛和第十四世達賴喇嘛的認定都沒有經過金瓶掣籤。
李江琳：「當時的噶廈政府想盡了一切辦法，要避免金瓶掣籤。因為他們真心實意地不接受這個，因為它不是藏傳佛教本身的東西。它是一個政權政治上強加給他們的。 」
即便是在1949年後，中共在之前的喇嘛轉世認定中也從來沒有提及過這個像徵封建皇權的金瓶，比如1992年達賴喇嘛和中國政府共同認可的第十七世噶瑪巴喇嘛。
艾略特・史伯嶺：「他是在中華人民共和國的版圖裡出生的，被尋找、確定的。那時候有一個大典禮，坐床典禮，是在他的喇嘛廟舉行的。政府和黨就派了代表，一句金瓶掣籤的話都沒有說。」
達賴喇嘛宣布：轉世靈童找到了
第三次西藏工作會議之後，尋訪進程突然加速。尋訪小組先後確定了20多名男童作為靈童候選人。當年12月底，恰扎仁波切派人秘密前往印度達蘭薩拉，將這些男童的照片和資料交給達賴喇嘛。接下來，和歷代達賴喇嘛一樣，他必須對這些男童進行驗證。
達賴喇嘛：「這些都是傳承下來的方式。有很多不同的方法驗證，比如觀夢，或是觀察酥油燈的顏色和燃燒的時長，也會藉助一些物品，比如念珠，再加上打坐。意念、感受……不是只憑藉一個因素。佛教本身也是這樣，所有的事情都是相互依存，而不是獨立存在的。打坐、誦經、打卦。我一生中一直在做這種修行。50年來，我人生中所有的重大事件都是這樣作出決定的。所以我相信這些。根據我的驗證，根敦確吉尼瑪看來是最好的一個。」
