1958年7月通過的《關於改革宗教制度的決議》，其重要內容之一就是「 徹底改造宗教人員，使大部分宗教寺院瓦解」 。
李江琳：「藏傳佛教的組織化的系統非常嚴密，這一點中共從來都不喜歡的。在藏區它不摧毀這個以藏傳佛教為中心的這種社會組織，它無法在那個地方立足，它就無法控製到基層，所以它必須會這麼做。」
99.9%的寺院被毀數十萬藏人喪生
1959年達賴喇嘛出走印度後，十世班禪喇嘛越發成為中國政府倚重的統戰對象，幾度獲邀前往北京。就在他與最高領導人會面之際，中共的轟炸機正掠過他的家園。
1961年末至1962年初，十世班禪喇嘛在西藏、青海、四川藏區進行了半年的考察，眼前的景象令他大為震動——所到之處滿目瘡痍、民不聊生，一切再不是他心中故鄉的模樣。
回到日喀則，他奮筆疾書，花了五個月的時間，寫就一份報告呈交國務院。全文七萬多字，人稱《七萬言書》。這份報告對中共十幾年來的治藏政策提出嚴厲批評。毛澤東看後大為光火，稱這是一枝「毒箭」。十世班禪喇嘛從此被軟禁，文革期間又幾次被揪鬥，在鐵窗背後捱過了近十年的漫長歲月。
到1976年毛澤東發動的「文化大革命」結束之時，藏區6400多座寺院99.9％被毀，數十萬藏人死於炮火、飢荒、監禁、迫害……
1977年，十世班禪喇嘛獲釋。他沒能返回西藏自己的寺院，而是被規定必須住在北京。他同一位漢族女子結了婚，恢復了黨和國家領導人職務，再次成為一顆政治明星。
不過，他並沒有完全停止對當局的批評。他在世間最後一次公開發言時說：「由於你們在西藏解放時期的努力，使西藏有長足的進步，西藏人民不會忘懷。然而你們也在西藏確實犯了很多錯誤，我們也永遠不會忘懷。」
政治形勢急轉直下
80年代，中國共產黨對治藏政策進行了一定的反思。1980年，時任中共中央總書記胡耀邦訪問了西藏。
李江琳：「由胡耀邦主導，召開了兩次西藏工作座談會，實際上是對從1950年中共進藏之後，到1980年那段時間西藏所發生的一切進行的一個糾偏。」
達賴喇嘛的二哥、流亡印度的嘉樂頓珠在自傳《噶倫堡的麵條商人》中回憶說，班禪喇嘛圓寂後，鄧小平希望達賴喇嘛本人來北京主持悼念儀式。時任中國佛教協會會長趙樸初帶來一封親筆信，請他轉交達賴喇嘛。可是噶廈政府以準備時間不足為由拒絕了。真實原因是他們擔心達賴喇嘛被北京劫持。嘉樂頓珠說，他認為鄧小平的邀請是真誠的。他對這次錯失的機會感到失望。
