梭普有很多理由拒絕提供幫助。因為時間已經過了好幾週，發病地點又已人去樓空，這些都會使調查更加困難。
而且以梭普的經驗和名聲來看，這不過是一起微不足道的小案例。但是梭普有強烈的好奇心，這件事勾起了他的興趣，所以他同意著手調查。
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梭普馬上啟程前往牡蠣灣的湯普森宅邸，捲起袖子開始工作。
流行病學家的工作和偵探很像，兩者同樣得多方蒐集資訊，據以判定疾病的散播途徑，以及如何才能加以控制並且徹底消滅。梭普循著先前調查人員的腳步前進，希望找出他們疏忽的線索，試圖為這場疫情的爆發找出合理原因。
首先，梭普調查了外來傳染源被帶入華倫家的可能性。結果如同先前的調查，排除了牛奶和蔬果受汙染的可能性。
接著，梭普從水龍頭、水井、儲水槽、化糞池、室外廁所採集樣本送到實驗室，檢驗結果全都是陰性，並未發現病菌。
後來梭普表示：｢（對於檢驗結果）我很失望。之前的調查工作做得很徹底。我拚命的找，還是找不出毛病出在哪裡。｣
難道是房子本身有問題？
梭普探查了房子過去的歷史，發現五年前發生過一起傷寒病例，但是之後房子年年出租，都沒再發生過傷寒病例，直到華倫一家入住。
這表示房子沒問題。
梭普把目標轉向華倫家成員及其生活習慣。雖然牛奶和蔬果受汙染的可能性已經排除，但是梭普相信一定有某個人或某種食物把傳染源帶進去。
還有什麼可能被遺漏的線索呢？
梭普重新檢閱各項事實，找到了一條線索。
華倫家非常喜歡吃蛤蜊，常向一個老婦人買蛤蜊，這個老婦人就在離湯普森宅不遠的海灘上搭帳篷而居。
梭普去找那個老婦人，結果無功而返，因為隨著冬天來臨，老婦人早已捲起帳篷離開。梭普檢查了挖掘蛤蜊的地點，發現一條重要線索：有些挖掘蛤蜊的地點受到汙染。
如果水被汙染，那麼蛤蜊也會被汙染。
但這還是說不過去。梭普自問：如果傷寒爆發的起因是蛤蜊，為什麼只有一家出事？看來鎮上很多人都嗜食蛤蜊，也都向同一個老婦人購買，或是購自附近區域。
梭普進一步探究，發現華倫家從七月十五日之後就沒再吃過蛤蜊，而瑪格莉特‧華倫直到八月二十七日才發病，足足過了四十三天。由於傷寒的潛伏期是八到十四天，所以蛤蜊不可能是禍首。
這條線索再次受挫，但是梭普依然堅信病源來自外界，只不過到底是如何被帶進去的？是被誰帶進去的？如果致病的原因不是水，不是牛奶蔬果或蛤蜊，也不是室外廁所或化糞池，那會是什麼？
梭普重新檢視已知的事實，特別把注意力放在八月。他仔細思考了華倫家發病的順序：一開始是九歲的瑪格莉特，接著是照顧她的兩個女僕，然後是媽媽、姊姊，最後是在這棟房子工作數年的園丁。梭普注意到，生病的不只是華倫家人或僕人，而是華倫家人和僕人。
