投入臺灣政工情治，制衡陳誠
蔣介石退守臺灣之前，先由陳誠坐鎮臺灣，以臺灣省主席兼東南行政長官的身分，對於陸續撤退來臺的國軍先行繳械，大力整頓，重新整編後，再給武裝。陳誠因此躍上臺灣國軍之王座，也讓臺灣在中國大陸風雨飄搖的敗局下，得以穩定下來。
等到蔣介石退守臺灣以後，此種現象反使他有所顧忌，但無可否認的事實是，蔣介石治臺又全賴陳誠打下根基。那時陳誠在臺灣軍政各界的聲望和勢力如日中天，可說是「一人之下，萬人之上」，蔣介石雖然不樂見，但須重用陳誠、利用陳誠，因此給予僅次於總統的第二號人物職位—副總統兼行政院長，以借力使力，順利統治臺灣。
蔣介石是具有「帝王傳子」封建思想的領袖，在蔣經國和陳誠兩人之間，如何取捨？便成為蔣介石治臺的最現實問題。陳誠在軍政各界的勢力已成氣候，蔣介石的統治權術就是讓兩人互相牽制，最後由蔣介石居高臨下，予以操控，形成三角架構。蔣介石身為總統之尊，居於最高領袖之高位；陳誠掌控軍政各界的實權；蔣經國則利用軍中政工和情治系統，制衡陳誠的勢力。
蔣介石在臺北宣布「復行視事」，繼續行使總統職權的當天，立刻親筆手令：派蔣經國負責主持軍中政工重建，迅即恢復「國防部」總政治部。明眼人皆知此項人事命令是用來制衡陳誠在軍中的龐大勢力，當然不為陳誠所樂見。
蔣介石任命蔣經國為「國防部政治部主任」，往後，國軍各部隊都層層設立政工機關，任務是主持軍隊的政治思想教育，考核官兵思想，防止投敵逃亡，防止軍中人事及財務的腐化，以達成建軍整軍之目標。尤其規定：「沒有政治部主任副署的部隊長命令無效。」循此制度，蔣經國透過政工運作，實際上達成了制衡陳誠在軍中獨霸的局面。
為了培養及訓練政工軍官人才，一九五一年七月，蔣經國在臺北市北投區的復興崗，正式創辦「政工幹校」，從此，具有專業訓練和忠黨愛國的政工人員布滿軍中。在臺灣，國軍擺脫了在大陸時期「內部貪汙腐化」的惡劣形象，塑造出令人耳目一新的面貌，此為蔣介石的創意和蔣經國的業績。
領導榮民，興建東西橫貫公路
一九五七年三月，美軍顧問團上士雷諾槍殺了革命實踐研究院的少校學員劉自然。由於美軍在臺灣視同外交官待遇，享有「治外法權」，當美軍顧問團軍事法庭判決雷諾無罪，引發臺灣輿論和群眾群起而攻。判決次日，憤怒的群眾搗毀美國大使館和美國新聞處、撕毀美國國旗，又打傷美方人員。美國認為這個事件是蔣經國所領導的救國團所策動，公開指責蔣經國為「反美分子」。
為平息劉自然事件，蔣介石不得不讓蔣經國暫退幕後避風頭，於是任命蔣經國以「國軍退除役官兵輔導委員會主任」的身分，領導榮民興建東西橫貫公路。一可貫通臺灣的東西交通，在軍事上東西支援，保衛臺灣；二可排除中央山脈的阻隔，在經濟上發展東部經濟；三可充分利用榮民的充沛人力，在社會上解決榮民的生計問題，有助社會安定，一舉數得。 （相關報導： 若學生流血，我要跟你拚命！白色恐怖時期，看似打壓卻默默守護學生的熱血教官 ｜ 更多文章 ）
東西橫貫公路全長三百五十公里，分別從臺中、花蓮兩地同時向中央施工，穿越中央山脈，工程既浩大又艱鉅，動用了大批榮民、兵工及原住民，甚至利用大專生暑期打工等，費時四年才完工。這條公路除了軍事上的重要性，沿途蘊藏大量的礦產、森林資源，極富經濟價值。
