林振雄負責的管理部，責任重大，事務繁瑣，是負責黃埔軍校的庶務、交通、衛戍、交際等事務。同時也管理陸軍、監獄、軍樂、消防、軍紀、風紀、清潔等。作為主任，每天早晚各一次必須巡視軍校內外周圍，發現問題要立即處理。
1924年7月7日蔣介石兼任長洲要塞司令，不久即任林振雄為長洲要塞參謀長。倆人都不留宿軍校，而是同住在一座二層樓高的磚木結構的房屋裡。
1925年1月林振雄母親去世，葬在長洲西崗山。蔣石介日記1925年1月20日，上午會議後安排工作，下午往吊林振雄母喪。
1925年4月22日，管理部改稱處，蔣介石委任林振雄為軍校代管理處處長。
1925年5月1日，因為五、一勞動節支持省港澳大罷工事宜，軍校黨部原訂人數與實際出席人數有差別，政治部職員李漢藩找管理處長林振雄理論，李漢藩不尊重長官，因意見不合而與林發生口角、撕扯，林振雄手背破損，為了保護自己，林喝令衛兵將李捆綁並毆傷。此事造成了很大影響，還數罪指控林振雄是反革命、殺人犯等。7月23日，事件最終由中央執行委員會與中央監察委員會審查後作出議決，停止林振雄黨務、職務六個月，轉交由校長蔣介石負責執行。
1925年5月12日，蔣介石日記中寫道，十二日，在汕頭，聞廣州舉行五一勞動節，軍校管理處長林振雄不令勤務工人參加，政治部職員李漢藩、陳作為，遂目振雄為反革命，乃致函漢藩、作為痛斥之。
1925年9月2日，林振雄兼任長洲要塞警備隊（司令駱鳳翔）總指揮。此時，國民革命軍已經決定第二次東征惠州，正值用人之際，蔣介石兼任東征軍第一軍軍長，委林振雄任參謀長，周恩來任政治部主任。9月29日，蔣介石任林振雄為東江警備司令，率部攻打惠州的縣城方向的守軍，之後一路追擊攻克了紫金。11月6日，會合第四軍於紫金，攻打興寧。
1926年3月5日，蔣介石任林振雄為黃埔第四期入伍生第四團暫編獨立營營長。4月上旬調任第20師（師長王柏齡）少將副師長。 （相關報導： 林丹生專文：林振雄與李漢藩毆鬥之新證 ｜ 更多文章 ）
1926年6月18日，蔣介石委林振雄為長洲要塞司令。長洲要塞，是中國的南大門繼虎門要塞之後的第二道水路防線，戰略地位重要，歷來都是兵家必爭之地。長洲距離廣州東面15公里，四面環山，地勢險要，在島上一共有七座炮臺以扇形分佈在各據點。
