「南北戰爭」結束，李將軍轉到華李大學辦學
歷時5年的「南北戰爭（又稱『美國内戰／American Civil War』）」陣亡人數約61.8萬人（含病死），其中北方損失36萬人，南方損失25.8萬人；南北兩軍共約有100萬人受傷，當時美國總人口也不過3,100多萬，其中北方人口約2,200萬，南方人口約900萬，單單就北方死亡的人口，幾乎與美國在第二次界大戰中的死亡人數（約380,000人～405,000人）相等。1865年，李將軍率領疲憊不堪的南軍向格蘭特將軍（General Grant，1822～1885，美國第十八任總統）所代表的聯邦軍隊投降。李將軍提出的唯一投降要求即是善待所有南方的將士，給他們一紙赦免，使他們能免於以後的政治磨難，而對於他自己，他沒有要求任何，因為遭受許多政治壓力與反對，因此一直到他去世為止，李將軍始終都沒有得到聯邦政府的赦免。直到1975年，才由美國第三十八任總統－－傑拉爾德․魯道夫․福特（Gerald Rudolph Ford, Jr.，1913～2006）發佈特赦令，並由美國國會回復李將軍的公民權。
南北戰爭結束後李將軍就在位於維吉尼亞州中西部尚納多亞山谷（Shenadoan Valley）萊辛頓（Lexington）的「華盛頓與李大學（Washington And Lee University，華李大學）」擔任校長，他在1870年過世之後就葬於校園中的小禮拜堂（Lee Chapel），禮拜堂的地下室有收藏詳細的校史資料，是想了解南方歷史及李將軍生平事蹟必經之地。華李大學由於校園風景優美，在2000年時曾被列為全美liberal arts colleges 中的12名。美國第一所由州政府創辦的軍校──維吉尼亞軍事學院（維吉尼亞軍校，VMI-Virginia Military Institute，1839年11月11日創校）就在隔壁。不同於聯邦政府所屬的西點軍校（1802年3月16日由傑佛遜總統簽署成立法案，7月4日正式宣布成立）在二戰之後才開始劃分學系，這所以法國工業學院為藍本的軍校在創校之初就認為──畢業生未必將軍人作為終生的職業和唯一的選擇。因此維吉尼亞軍校生在讀完一年級的共同課程後，升二年級時可依個人的興趣與專長選讀不同科系。
同樣是在第二次世界大戰結束之後，原本只有理工學系的維吉尼亞軍校也將文史科系納入，目前擁有──數學、物理、化學、生物、土木、機械、電機、經濟、歷史、英文、現代語言等11種不同學系（學位）（註二）。美國國會在1976年批准女性可以進入所有軍校就讀（同年西點軍校就開放女性入學）。但維吉尼亞軍校一直以──開放女性入學將打破學校的傳統與增加管理難度為由拒絕。校方與聯邦政府司法部打了好幾年的官司，直到1996年在美國最高法院威脅要切斷聯邦政府給予維吉尼亞軍校的補助（即私有化）與國防部將取消其 ROTC （預備軍官團）的訓練課程後，維吉尼亞軍校才不得不在1997年開始開放女性入學（即2001年班）。
