爭議三》顛覆行政程序：馬親自會趙磋商
馬英九直接與趙藤雄會面磋商權利金一事，顯示議約過程中，馬直接跳過議約小組以及甄審委員會，但按流程應是由下至上，決定後再向市長報告的流程，廉委會認為，馬主導事情的態度至為明顯，跳過合理的行政程序。
更細地說，從行政流程而言，議約小組需將議約結果依規定「層簽」至市長，如馬英九有任何指示，自可依合法行政流程指示議約小組研究、辦理，不需要繞過行政應有之流程，私下與趙藤雄見面，這顯然難合乎常情，且在2人會面後，議約內容大異於前，確屬重大關鍵。
爭議四》馬掌甄審委員10人 「足以通過任何議案」
另，報告指出，馬英九從一開始挑選甄審委員，即跳過幕僚所推薦的名單，自己另外手寫指派自己屬意的甄審委員「李建中、劉宗榮、楊忠和」3人，加上甄審委員中的府內局長也是馬英九親自勾選，包括主任委員李述德、吳清基、陳威仁、林志盈、許志堅、廖咸浩、陳清秀共7人，可知甄審會至少有10票掌握在馬手中，報告認為，「足以通過任何議案」，顯見馬充分掌握人事，而掌握人就掌握事，表示重大事項的決策也都是由馬英九親自做成，故報告指馬英九不得諉為不知。
咎責》廉委會將告發馬、李涉圖利、背信、瀆職
調查報告指出，馬私下與趙會面，之後權利金變為0，顯然已有圖利廠商之嫌，廉委會建議北市府，將馬英九、李述德涉嫌違法圖利遠雄趙藤雄部分之相關「全案資料」，移送特偵組等單位依法處置。
至於關乎到馬、李2人涉嫌圖利、背信、瀆職之刑責，廉政委員專案小組會另建請市府向特偵組提出法律訴訟。除此之外，報告指出，馬亦有政治及行政責任，依據現行憲法規定，應移請立法院審議，決定是否進行彈劾。
