台北市政府廉政透明委員會8日下午召開針對大巨蛋案作出結論報告，輿論關注的前市長馬英九任內涉圖利遠雄，報告指出2004年9月20日，馬與遠雄董事長趙藤雄會面後，權利金頓時變為0；市府同意遠雄變更都市計劃分區，協助取得「住宅區」用途，涉圖利；馬英九顛覆行政程序，親自會見趙磋商事情，不合乎常情；以及馬掌握甄審委員會的10個名額，「足以通過任何議案」。廉委會將根據這些事證，向特偵組移送並告發馬英九與前財政局長李述德，亦建請立法院彈劾總統馬英九。
由於大巨蛋BOT案是在前市長馬英九任內簽約、評定包含遠雄集團的「台北巨蛋企業聯盟」為最優申請人，且任內也發生變更工程協力廠商、更改權利金等重大變更，故廉委會也一併檢討馬英九任內的爭議作為。
爭議一》920馬趙會後 權利金改為0元
針對最具爭議性的馬英九涉及圖利遠雄，讓權利金為0的作為，調查報告指出，在《促參法》11條以及大巨蛋招標公告須知內的規定，都有規定本案應有「權利金」，2004年9月1日，與北市府議約的遠雄都還願意提撥千分之1的營運權利金，北市府也仍未有放棄權力金的打算，但經過同年9月20日馬英九親自與趙藤雄會面商談後， 3天後的9月23日，馬任內的前財政局長李述德擔任議約主談人，進行第三階段第三次議約會議，便將權利金頓時修改為0元，廉委會甚至還有當天會議錄音逐字記錄。
錄音的會議記錄逐字稿中，李述德於會議上是這樣說的：「我們就按照9月20號協商的結論… …因為這是重大議題，所以特別由遠雄趙董事長跟市長親自見面，做一些溝通後，大家有共識。」又說「府裡的高層認為乾脆這個部分就不提，他不提，我們也不要求，回到都審的程序處理。」
由以上的錄音逐字資料可以發現，9月初雙邊都還有意願在權利金一事上協商，但在920馬趙會後，權利金透過李述德在會議上修改為0元，報告指出，「馬英九犧牲市府之權益，顯然已涉及不法圖利遠雄之行為。」
爭議二》市府同意變更都市計劃分區 加「住宅區」圖利遠雄
調查報告指出，土地使用分區在公告時，原不得當作「住宅」使用，但2004年9月23日當天會議上，李述德代表市府立場，同意在簽約後要協助遠雄辦理都市計劃的變更，讓該基地內加入「住宅區」的土地使用分區項目，使可做「住宅」使用，增加遠雄在該基地內的利益。
報告指，當時的部分甄審委員已發現，如附屬事業當住宅使用，違反公告及招商規定，如馬英九任內的都發局長許志堅表示此舉「不符合現行法規」，而2004年6月4日的議約會議上，遠雄也曾表示「住宅」是非常敏感的字眼，廉委會認為，議約小組跟遠雄在事前都了解變更的敏感，因為是遠雄的重大利益所在。
爭議三》顛覆行政程序：馬親自會趙磋商
馬英九直接與趙藤雄會面磋商權利金一事，顯示議約過程中，馬直接跳過議約小組以及甄審委員會，但按流程應是由下至上，決定後再向市長報告的流程，廉委會認為，馬主導事情的態度至為明顯，跳過合理的行政程序。
更細地說，從行政流程而言，議約小組需將議約結果依規定「層簽」至市長，如馬英九有任何指示，自可依合法行政流程指示議約小組研究、辦理，不需要繞過行政應有之流程，私下與趙藤雄見面，這顯然難合乎常情，且在2人會面後，議約內容大異於前，確屬重大關鍵。
爭議四》馬掌甄審委員10人 「足以通過任何議案」
另，報告指出，馬英九從一開始挑選甄審委員，即跳過幕僚所推薦的名單，自己另外手寫指派自己屬意的甄審委員「李建中、劉宗榮、楊忠和」3人，加上甄審委員中的府內局長也是馬英九親自勾選，包括主任委員李述德、吳清基、陳威仁、林志盈、許志堅、廖咸浩、陳清秀共7人，可知甄審會至少有10票掌握在馬手中，報告認為，「足以通過任何議案」，顯見馬充分掌握人事，而掌握人就掌握事，表示重大事項的決策也都是由馬英九親自做成，故報告指馬英九不得諉為不知。
咎責》廉委會將告發馬、李涉圖利、背信、瀆職
調查報告指出，馬私下與趙會面，之後權利金變為0，顯然已有圖利廠商之嫌，廉委會建議北市府，將馬英九、李述德涉嫌違法圖利遠雄趙藤雄部分之相關「全案資料」，移送特偵組等單位依法處置。
至於關乎到馬、李2人涉嫌圖利、背信、瀆職之刑責，廉政委員專案小組會另建請市府向特偵組提出法律訴訟。除此之外，報告指出，馬亦有政治及行政責任，依據現行憲法規定，應移請立法院審議，決定是否進行彈劾。
