可事實上雙方的衝突早已種下，當駐華美軍司令（Joseph W. Stilwell）正為了奪取國軍指揮權而與蔣中正鬧得不可開交的同時，金九也為蔣中正試圖控制韓國光復軍指揮權一事痛心疾首。根據《光復軍九個行動準繩》，韓國光復軍的調動被牢牢掌握在重慶軍事委員會的手中，使金九認知到蔣中正一如歷代中央王朝的統治者，不可能對大韓民族平等相待。
中華民國控訴美國沒有平等對待自己，卻以同樣的態度對待韓國人，給予了中共介入的機會。根據金九的兒子金信回憶，每年臨時政府選在3月1日紀念「三一獨立運動」，8路軍駐重慶辦公室的代表都會出席。金信強調臨時政府與國民黨、共產黨都走的很近，而且金九與周恩來兩人還時常互請吃飯，關係密切的很。
周恩來謙遜的態度，讓金九產生了除了國民政府之外，韓國人在中國還有另外一個友人可以打交道的想法。抗戰勝利後的1945年9月3日，金九宣告將以新憲章建立屬於整個朝鮮半島的臨時過渡政府，展現了領導大韓民族重回世界舞台的野心。同一天，周恩來安排了訪問重慶的毛澤東與金九會晤，形同是大韓民國總統和中共最高領導人的「第0次」會晤。
亞洲北約的提倡者
周恩來、董必武與宋慶齡等中共領袖，也出席了金九回南韓以前的送別宴會。他們顯然希望金九知道，與中共打交道的韓國人不只限於朝鮮獨立同盟的左派份子。只要對中國的紅色革命有幫助，哪怕是像金九這樣反共的老牌韓國民族主義者，同樣可以是中共的盟友。不過此刻朝鮮半島已經以38度線南北為界，分別為蘇聯紅軍和美軍佔領，南韓當然屬於美國的勢力範圍。
美軍同意在南韓建立一個大韓民國政府，但美軍所支持的南韓領導人並不是流亡中國的金九，而是流亡美國的李承晚。李承晚立場親美，又有朝鮮李氏王朝的血統，同時還堅決反共，顯然比金九更符合美國的長久利益。回到南韓的金九很快就被徹底邊緣化，就連金弘壹等光復軍人馬也為李承晚挖走，只能在一些失意的前滿洲國軍人簇擁下成為極右翼民族主義者。
金九擁抱起愛國主義，站在第一線反對聯合國對韓國的託管政策，同時批判美國與蘇聯將朝鮮半島一分為二。為了重振自己的威望，金九還跑到平壤與北韓領袖金日成會面，試圖爭取韓半島的和平統一。結果就如同現今許多前往大陸討好中共的台籍退役將領一般，回到南韓後的金九形象徹底「黑」化，就連中華民國政府也從此與他保持距離。
眾叛親離的金九，最終慘死於一場暗殺之中，李承晚就此大權獨攬，成為大韓民國的第1任總統，並自封為大韓民國國父。1949年8月6日，經歷了徐蚌會戰慘敗而下野的蔣中正，以中國國民黨總裁身份訪問南韓鎮海。他一下飛機，就表達「中韓兩民族3千年來原為唇齒相依的兄弟之邦，今不幸同受共產主義侵略之威脅，更切患難與共、風雨同舟之誼」的立場。
