等到四月下旬華航機師陸續出現疫情，阿中還認為就像部桃群聚感染一樣，只要控制得宜就可清零，所以召回華航機組人員做全面居隔與清消，但是這已經是華航-富特疫情爆發後十多天了！指揮中心還在迷信做完疫調就可以找到源頭。所以始終對外表示還未達社區傳播階段。就在此時萬華與宜蘭等地有民眾陸續傳出確診案例，獅子會長更因接觸人廣，被視為超級傳播者，然而他根本沒有出國紀錄，顯然他是在萬華活動時被感染，再由他轉傳給其他人，指揮中心誤判他是源頭。忘了隱藏在萬華的傳播鏈，這個傳播鏈的源頭很明顯的還是由境外而傳入，這個境外傳入明顯地從華航機師與機組人員有最大的可能性，他/她們在「3+11」政策之下，可以移動而到了萬華觀光或活動，成了隱形傳播鏈的源頭。一位來自基隆的水果販婦女，她同樣被感染而與家人南下拜廟，回家後發燒，篩檢後確診，但是病毒也開始移動。
與萬華地緣關係最密切的就是板橋，兩地居民生活工作移動頻繁，隱形傳播鏈更因此而擴大，結果就是五月疫情大爆發！5/15政院宣布全國疫情三級警戒。在此之前阿中部長一再表示疫情在社區傳播邊緣，顯然還在用部桃抗疫的思維來處理嚴峻的疫情，可以說是錯失阻絕疫情第一時間。代價是800多人確診死亡，阿中抗疫英雄形象頓時受損。
在此必須要提醒的是就是疫苗的購買！五月疫情升溫之際，除了嚴格執行輕重症分流治療之外，更重要是如何斷鏈？不要讓傳播鏈擴大散布，疫苗就是建築防疫牆，可是當時就是缺乏疫苗。缺乏疫苗的主因就是指揮中心根本沒有設想到疫情會爆發，所以當林全的東洋代理要購買BNT疫苗時，指揮中心的思維是是當時沒有什麼疫情，無需買太多，結果原本東洋與BNT談妥要採購3000萬劑，但是沒有疫情的思維下，政院只提出了購買200萬劑，林全最後以這裡面水很深來退出代理。這個感慨顯示執政黨有吳姓立委涉嫌橫插一槓，自己要代理來購買BNT，所以假借BNT是由中國復必泰代理為由，要繞過中國，再透過香港代理商來向BNT洽商，後來發現繞來繞去還是得經由復必泰，而且談的價格比林全所談的還要貴，最後不了了！指揮中心向外說明是中國阻撓了我方購買BNT，完全不提吳姓立委與相關人士涉嫌插足的這一段故事。
問題是疫情如此緊急，就是沒有疫苗，人心惶惶。此時好在日本提供AZ疫苗供我方應急，問題是當時AZ引發許多副作用，日方也沒有給其國人施打，所以正好轉贈我方，接著美國也提供莫德納疫苗幫小英政府應急。還有其他友邦也陸續贈送疫苗，慢慢地國內才有疫苗可以供應給第一線醫護人員，並分類施打（不過也出現執政黨黨政高層與特殊人士有人搶先打到疫苗再次引起爭議，另外北市新北市疫情最吃緊，可是發到的疫苗竟然和高雄差不多，當時高雄疫情並不嚴峻，但是指揮中心顯然有偏袒綠色執政縣市的作風，同樣也引起雙北市長不滿）關鍵還是指揮中心一直覺得國內疫情守得很好，沒有必要超前部署買那麼多疫苗；等到疫情嚴峻時才驚覺疫苗的重要性，但是這時候要去國際購買，根本搶不到。沒有疫苗到位，對抗疫情就是力有未逮。然而，阿中同樣沒有交代為何會造成這樣力有未逮的窘境。
