然而，「沉沒風險」也正是網民和輿論質疑的焦點。網民與媒體相繼引述香港天文台6月18日日間的華南海域天氣報告，指出當時西沙海域風力在蒲福氏風級（Beaufort wind force scale）二至三級之間，即輕微（中國氣象局稱輕風）或和緩（微風），質疑珍寶海鮮舫何以「遇上風浪」。
《明報》引述香港氣象學會發言人梁榮武說，一般而言，二級風可引起最高約半公尺海浪，對航行沒太大風險，因此他估計海鮮舫船身狀態或許本來已不穩定；《星島日報》引述香港國際漁業聯盟主席楊潤光說，他估計出發前沒有做足封艙等所需步驟，令船體入水更快。
中國中央政府駐香港聯絡辦公室（香港中聯辦）領導下的官方報紙《大公報》引述香港漁民團體聯會主席張少強說，西沙群島附近海域的天氣變幻莫測，或會突然出現俗稱「打石湖」的強陣風，並翻起巨浪，以往曾有不少漁船被打翻擊沉。
《信報》報導，香港水下考古總會主席胡名川質疑拖船公司到底有否嘗試求救，因為按船東所稱，海鮮舫6月18日進水，19日才翻沉。
胡名川說：「通常進水都會立馬通報或者報警。現在通訊發達，有無線電或是衛星電話已經可以了。」
除了天氣，珍寶海鮮舫本身船體是否夠堅固，也受到輿論審視。前香港《蘋果日報》財經專欄作家千頌C在其博客中引述一位海鮮舫老員工說，海鮮舫大約六年前才更換過船底。
這位老員工說：「要是這架船那麼容易沉沒，不安全，那根本就拖不出去檢修。好端端的50年都不會沉。」
資深海事輪機工程師李健光對BBC中文指出，拖輪公司事前定必備妥詳細計劃，包括航行路線、使用拖輪數目、航行天數以及其間的天氣預報。但有別於航空機組須在飛行計劃中報備每一航段坐標，監管單位不會要求巨細無遺的知悉擬定航海路徑。
李健光還說，畫舫本身應具備水泵，可以抽水，但這便意味著得配置船員在畫舫上當值操作。然而，配置與否，純屬船東決定，「那這次很明顯是船東決定不派人在躉船上當值，也就是說上面備有什麼設施都派不上用場。」
「套用一句術語，那就是說他們把它當成『死船』來拖運。」
網絡媒體《香港01》報導，接手拖運珍寶海鮮舫的遠洋拖輪應為韓國籍「載元9」輪（Jaewon 9；音譯），香港海事處離港船隻報告顯示，「載元9」於6月14日離開香港，報備的下一個港口是柬埔寨西哈努克（Sihanoukville）。
船舶追蹤網站MarineTraffic顯示，「載元9」輪6月12日從浙江舟山來到香港維多利亞港西面，14日在香港島與南丫島之間航道徘徊，與珍寶海鮮舫離港時間吻合。6月18日北京時間20:54（格林威治標凖時間12:54），「載元9」輪在西沙永興島（越南稱富林島）西南面約144公里處突然折返，其後24小時一直在該處徘徊，相信這便是珍寶海鮮舫沉沒位置。至19日格林威治標凖時間23:51之後，「載元9」再也沒有更新其位置。
