其二是台大醫院提出所謂新版流程中，明確要求「OPO小組成員進入電腦資訊系統『確核』檢驗結果」，該規定成為監察院及公懲會認定柯文哲疏失的重點，因為柯文哲未在器官移植執行過程中，於事前簽字「確核」檢驗結果，而是事後才簽文確核。但柯文哲直言，此一作業流程規定根本不可行，因為一位醫師不可能24小時待命隨時準備事前簽署、確核檢驗結果，此一程序根本不曾出現在OPO小組的執行程序中，過去柯文哲都是在完成器捐後事後簽署文件，目的在核發移植費用，而非為了確認檢驗結果，但顯然監院和公懲會堅持相信台大醫院的說詞。
實務作業與台大流程差異大 協調師聲明未被採認
柯文哲曾於接受調查時，提出兩份OPO小組的協調師聲明，認明OPO小組的標準作業程序為何，一為前任協調師林巧玥聲明在2009、2010年任職台大醫院器官捐贈協調師期間，「捐贈者血液檢驗報告經受檢單位口述後，值班成員會再複誦一遍與醫檢師雙方確認過後，異常值會特別提醒，…，器官捐贈調師於外院處理器官捐相關事宜，並無法確認受檢單位提供之口述檢驗結果正確與否。」聲明中強調，「台大OPO白皮書並無相關作業程定，要求協調師必須確認書面報告後，方能將捐贈者檢驗報告輸入於『財團法人器官捐贈移植登錄中心』網站系統」。
協調師林巧玥聲明，台大OPO白皮書並未要求協調師必須確認書面報告後，方能將捐贈者檢驗報告輸入財團法人器官捐贈移植登錄中心網站系統。（風傳媒翻攝）
台大發生愛滋器捐時仍擔任OPO小組協調師的徐嘉蔓、葉玉蘭及副管理師王玉鈴則聯合提出另一份具名聲明書，說明「2011.08.23台大醫院愛滋器官捐贈者事件發生時，當時因為台大醫院OPO的合作醫院遍布台灣各地，且有些合作醫院只有院內網，而沒有可連接外界的網路，所以台大醫院OPO小組也沒有申請VPN帳號，也沒有iPhone、iPad、筆電等電子上網設備。因為這些實況，所以當時沒有院內之明文規範規定『OPO小組在接到電話報告檢驗結果之後，須於電腦資訊系統上再次確認檢驗結果，並據以決定是否通知相關單位進行移植手術』，也沒有與其他單位有這種『共識』」。說明書中強調，「當時之實務是：OPO小組於接到電話檢驗結果時，經過『寫下、覆誦、確認』之程序後，將結果登錄於器官捐贈移植系統。」
3位協調師提出具名說明書，表示器捐實務作業流程是在接到電話檢驗結果時，經過「寫下、覆誦、確認」程序後，將結果登錄於器官捐贈移植系統。（風傳媒翻攝）
儘管柯文哲向公懲會提出前後任OPO小組協調師的聲明書和說明書，但公懲會卻未進一步調查協調師和台大醫院說法差異的原由，仍以台大醫院的調查報告為據，認定柯文哲疏失，並做出懲處。
