日本鬆綁集體自衛權，引發鄰近國家譁然，更動搖中國與台灣在對日政策上的平衡關係。儘管學界論述不少，但學者指出，目前國安會諮詢委員中缺少日本專家，一般對日工作交由外交部負責，導致在涉及高層政治及國家戰略上反應不足。
日本重新定義集體自衛權，賦予日本政府海外派兵權限，不僅亞太國家群起表示關切，中國與美國更在第一時間做出立場宣示。然而形勢上必須在兩岸與台日關係間尋求平衡的台灣，卻除了馬英九總統所說的「密切注意」外，並沒有進一步作為。
曾有國安會背景的學者私下透露，由於台灣的外交處境和戰略地位不適宜公開「選邊」，外交系統的保守態度「可以理解」；然而更重要的是，國安會能否即時意識到此一變化的嚴重性，提出因應的外交戰略呢？
國安會近1年無日本專家
學者指出，自2013年下半年起，國安會中已無專門負責日本研究的諮詢委員。在楊永明辭職之後，國安會在未能遞補適當人選的情況下，緊急將甫出任亞東關係協會秘書長沒幾天的張仁久，調往副秘書長張大同辦公室，直接統籌對日工作。
外交人士透露，國安會內沒有日本專家將近1年，也引起日本疑慮。曾有日本學界的台灣問題專家在來台進行訪談時質疑，是否表示馬政府不再重視對日關係？讓外交部門難以回應。但外交人士私下也猜測，雖然台灣不乏優秀的日本專家，但「適合」高層需求的確實不好找，「當然也可能是現在的主事者關注的重點不一樣了」。
外交人士也透露，受限於國安會內沒有日本專家，目前對日政策及因應交由外交部專責，每周1次在國安會外交小組會議報告，逐漸流於事務化和日常化，難以因應高層政治或區域戰略的大幅轉變。
事實上，自馬政府上任以來，國安會一直有專門負責日本事務的諮詢委員，例如前國安會副秘書長楊永明以及現任亞東關係協會會長李嘉進等，補強一直被視為反日派的馬英九在對日政策上的不足。
外交人士指出，儘管受限於職務無法站上第一線，但從馬政府第1任至去年，國安會在釣魚台爭議中扮演幕後即時因應的角色，也為台日投資協議、漁業談判等提供日本政局背景分析等協助。此外，馬英九提出的「東海和平倡議」，被國際社會視為對日政策的綱領性言論，據了解也係當時國安會邀請日本及美國問題專家協助擬定。
