不過，有相關人士分析，邱太三在這議題上的確偏向檢方，這無可厚非，但蔡政府上任仍留用前政府的政務次長陳明堂，代表法務部不會真正推動改革，而實務界看法也普遍是如此。此外，也有人指出，邱太三當過檢察官，檢察官很反對被行政官化，邱與陳瑞仁又是好朋友，某種程度是邱是「被檢察體系綁架」。
高涌誠：要讓司法可被民主問責，不可避免有政治力介入
永社理事長高涌誠2日受訪指出，法務部這次明確表達「檢察官不是法官」，這是很重要的宣示，大約有7成到8成的民眾分不清檢察官與法官的不同，到偵查庭看到檢察官都以為是法官，而區分這個不同，讓檢察官發生濫權等問題時，才不會拖累到司法，至於檢察官是否要定位為行政官，還可以再討論。
高涌誠指出，「檢察官不是法官」這點獲確認後，接下來最重要的是讓檢察一體原則的行使能透明化，檢察體系指令的下達必需權責相符，檢察官職權的行使也必須受到監督，法務部自行提出的改革方案仍不及格，林孟皇提議改革檢察長及檢察總長選任方式的方案沒過，他覺得很可惜。
高涌誠說，司法體系一向堅壁清野，不准外人進入，但它就是會「近親繁殖、恐龍化」，要讓司法可被民主問責，不可避免要有政治力介入，這也是台灣要深化民主所必須學習的，不要把政治看為猛獸，政治力量確有邪惡之處，但民主必須能建立適當控制政治力量的制度，使其無法作惡，而能發揮其良善的一面。
政治人物任內案子遊走灰色地帶 林孟皇：通常都會拉攏檢察官
司改國是會議第3組將在10日再度開會，討論包括檢察人事制度的民主化及引進外部委員參與、檢察首長行使個案指揮監督、職務收取權或職務移轉權、檢察官事務分配、檢察官在偵查中的「強制處分權」應否限縮等議題。
林孟皇指出，很多政治人物都怕檢察官，因為他們任內處理涉及利益分配的案子，可能都遊走法律灰色地帶，連號稱「陳青天」的已故前法務部長陳定南，當他辭官回鄉選宜蘭縣長時，檢察官也會辦他的餐會有無涉及賄選，最後雖無疾而終，然目的是為影響他的選情。林孟皇也認為，不管誰執政，通常都會拉攏檢察官。
林孟皇說，民主轉型後阻礙台灣司法前進的障礙，跟檢察官定位、檢察體系組織的改革有很大的關係。雖然26日的會議上有部分提案沒通過，但他說，並非完全沒成功，10日的會議上還會提出5至6項重要的改革方案，希望能建立服膺憲政民主、人權保障、並能貫徹權責相符的檢察體系。
