林孟皇提檢察長票選制度，表決未獲通過
不過，林孟皇提出對檢察長及檢察總長選任的改革方案，邱太三都有意見，表決也沒獲得通過。在檢察長方面，林主張增加全國檢察官票選的階段，也讓檢察總長有權對人選表示意見，經部長決定人選後，最後決定人選是否適任，則交給檢察官人事審議委員會。相較現行由檢察官人事審議委員會提出人選讓部長決定的制度，林指出，他的方案能讓檢察官展現他們的專業、獨立性，也藉此限縮、平衡作為政務官的部長，可能因政治利益因素考量，而透過人事權影響檢察權的權力。
在檢察總長方面，現行制度是由總統提名，經國會同意後任命。林孟皇主張改革為，檢察官人事審議委員會提出3至5名人選後由部長圈選，經行政院送國會同意後任命。支持這項提案的尤伯祥說，在現制下，總長行使職權的權力完全不受國會監督，該提案就是要解決總長如何向國會、民意機關負責的問題。
反對這2個改革方案的陳瑞仁及林達說，這樣做會弱化檢察總長，削弱檢察事務、偵查公訴、上訴的獨立性，讓政治勢力介入司法。邱太三也質疑現行總長的提名須送國會同意的設計，並肯定司法院近期提出終審法院法官，由總統圈選而無需經國會的提案。
邱太三說，台灣的法官考過試就可當一輩子，從來不用被人民檢視，司法院長也不用到立法院備詢，國家制度運作至今，很多人偏好的是，法官的獨立性就是「誰都不能管」，「縱使他變成奶嘴、恐龍法官都一樣」；2006年通過《法院組織法》，規定總長任命須經國會時，他就質疑「真的要去跟政治扯在一起嗎？」同意權要能獲得國會通過，勢必要靠總統的運作，「總長當然欠總統情啊」。
李佳玟：聽說最不願開國是會議的就是法務部和最高法院
對於法務部及檢察體系建制派抗拒改革。李佳玟1日受訪指出，簡單講就是「有權力的人其實不太願意改革」。在國是會議前，法務部主動提出改革方案，李佳玟說，她曾聽說最不願意開國是會議的就是法務部和最高法院，法務部畢竟不能不來參加，但「敷衍」態勢明顯，超過法務部主動提議的，就不接受。
她說，檢察官是司法官或是行政官，關係其擁有的權力，也受不一樣的監督，檢察官長期被定位為司法官，卻早已被政治干預，包括升遷等體制問題，讓檢察官依上意辦案，例如2014年反服貿運動時，台北地檢署檢察長楊治宇沒有具體證據，就向法院聲請羈押清大研究生魏揚，楊治宇後來還高升為台灣高等法院高雄分院檢察署檢察長，「當檢察長人事出問題時，法務部長可曾負責過？」
李佳玟說，檢察官負有實踐國家刑事政策的使命，必要時要將檢察資源用於偵辦環境、毒品、食安，或颱風過後菜價飆漲等特定議題，因此部長才需要有人事權，檢察體系內也才有上命下從的檢察一體原則，所以檢察官的本質是行政官，讓檢察官名符其實，才能讓有權者負責，讓檢察體系擺脫不當的政治干預，但建立適當監督機制等改革會限縮相關的權限，有權者其實不太願意改。
