根據多個消息指出，在選任委員時，法務部曾試圖把主張改革檢察體系的律師尤伯祥、台灣高等法院法官林孟皇、成大法律系教授李佳玟轉離第3組。
據了解，尤伯祥最初被推薦到第3組，法務部要他轉到第2組，但因尤是律師票選代表最高票，有選組的權利，才確定留在第3組。另據指出，陳瑞仁曾以將率檢察官退出國是會議為由，威脅李佳玟與被推薦到第5組的台大法律系教授林鈺雄交換，李不肯，使得委員名單的公布受到拖延，在僵持不下的期間，邱太三還自願換組，讓林鈺雄能到第3組，但陳瑞仁反對。法務部也曾協調要第5組的交大科技法律學院教授林志潔跟李佳玟換，就是要把李轉出第3組，最後在籌委林子儀建議每組增加1名學者後，李和林鈺雄才都留第3組，化解爭議。對此，林鈺雄28日受訪時說，他被通知時就是第3組。不過有籌委證實，林最初確在第5組。
此外，長期研究檢察體系問題的林孟皇，在籌委推薦的委員中獲得最高票，據了解，他表達想到第3組的意願後，法務部也運作要他轉組，但他仍在多數籌委的堅持下，留在第3組。而林孟皇近期也撰文指出，以陳瑞仁為首的檢察體系極力阻擋前大法官許玉秀擔任第3組召集人，最後改為瞿海源。
由於瞿海源不具法律專業背景，而第3組處理的卻是高度法律專業的議題，議程安排都依法務部這一方的偏好主導，再加上親法務部委員不斷在會議中提出程序問題，用議事技巧讓會議進行得很沒效率。有委員說，既定分組會議只剩1次，該組的議題只討論了約2/5或3/5，當初在林鈺雄堅持下，先討論環境案件訴訟這種具高度共識的議題，現在再來談檢察體系改革，「是有點可惜」。
確保檢察官為司法官 林達：代表一種不服膺政治的靈魂
檢察官的定位何以如此重要？讓法務部除了想調走改革派委員，還安排3個人到第3組幫忙捍衛檢察官的司法官屬性，包括，在1999年司改國是會議上，就與陳瑞仁所主導的檢察官改革協會合作的林鈺雄、曾是檢察官的律師陳重言，以及最近自爆曾被邱太三徵詢擔任法務部次長的政大法律系教授楊雲驊。而後來林鈺雄、陳重言接連退出國是會議，楊雲驊多次公開表達不滿，也揚言將退出，讓蔡政府相當難堪。
綜合法務部與檢察體系建制派在26日表述的立場，他們認為檢察官不是法官，也不是上命下從的行政官，但堅持與法官同是司法官，檢察官及檢察組織應維持準用《法官法》及《法官組織法》的現狀，反對將檢察官定位為行政官，也反對改革派提出另立《檢察官法》及《檢察署組織法》等規範檢察體系的提案；同時，他們也主張將檢察權寫入《憲法》，但這項主張未獲通過。
