新型冠狀病毒肺炎（COVID-19、武漢肺炎、嚴重特殊傳染性肺炎）疫情在日本迅速升高，預計今年7月24日登場的東京奧運還能不能照常舉行，已經成為日本政府頭痛的難題。不過兩個星期後就要開跑的東京馬拉松，更讓主辦單位陷入「辦還是不辦」的天人交戰。經過「免費發放口罩」、「道德勸說居住中國選手明年再來」的折衷做法後，主辦單會17日終於決定取消一般跑者參賽，這也讓比賽規模從3萬8千人嚴重縮水，僅剩大約200名菁英一般選手與約30名菁英輪椅選手與會
東京馬拉松是世界頂級馬拉松巡迴賽，也是世界馬拉松大滿貫（World Marathon Majors）賽事之一。馬拉松大滿貫包括6個年度城市馬拉松賽：波士頓、倫敦、柏林、芝加哥、紐約、東京，以及兩年一次的世界田徑錦標賽馬拉松與四年一次的奧運會馬拉松。今年的東京馬拉松預計3月1日登場，但在新冠肺炎疫情升高之下，東馬也陷入是否延期、取消或縮小規模舉行的難題。
東馬組委會10日曾經宣布，今年比賽將在各個會場與選手報到處、發放口罩、除菌濕紙巾，也會在會場準備消毒液，嚴防新冠肺炎危害選手與志工健康。東馬組委會也要求選手參賽前測量體溫、確認自己的身體狀況，選手若有發燒、咳嗽，則要及時就醫，不要勉強參加比賽。此外，作為新冠肺炎發源地的中國，來自中國的選手更被要求「自願放棄參賽」，針對交通管制無法赴日的選手，日本6日也提出比賽資格順延一年，並且免除明年報名會的優惠，
不過眼看日本疫情攀上世界第二，全球（除了中國以外）超過半數病例都在日本，東馬組委會也慎重考慮停辦事宜。不過本屆東京馬拉松也是東京奧運男子選手權的選拔會，因此沒有辦法說停就停。東馬主辦單位17日表示，將取消所有一般跑者參賽，只讓菁英選手下場。東京馬拉松今年約有3萬8000人參賽，因此也將大幅縮小規模。 （相關報導： 武漢肺炎陰影籠罩東京奧運 國際奧會坦言無「替代方案」 WHO否認提供建議 ｜ 更多文章 ）
根據《每日新聞》報導，菁英選手僅限2017年2月以後，男子成績在2小時21分內、女子成績在2小時52分內的選手，今年東京馬拉松男女菁英選手合計約200人；輪椅組馬拉松同樣也僅限菁英選手參賽，預計男女選手合計約30人。包括日本全馬紀錄保持人的大迫傑、前日本紀錄保持人的設樂悠太，及2018年亞運金牌得主井上大仁等，預料都將出賽。
