關於全球大學的排名，一般熟知的有四種（英國Times報的THE、英國Quacquarelli Symonds 公司的QS World University Rankings、上海交通大學的ARWU、美國US News & World Report雜誌的USNWR）。每次發布，媒體都熱衷報導。大家會關心臺灣大學的排名是上升還是下降？又，除臺灣大學外，中國大陸及香港的大學有多少是在兩百名內？還有，前一千所大學中，臺灣有多少大學入榜？相關的檢討文字已有許多，本文不贅。
另有一種排名，是關於學術研究機構（包括純研究機構及研究型大學）的基礎科學研究成果的，似乎在臺灣還很少人注意到；那就是Nature Index的排名。這一排名是Nature期刊自2015年開始做的，方法是選定基礎科學各領域最重要的期刊82種（包括Nature旗下18種期刊，及Science, Cell, Physical Review Letters, The Astrophysical Journal Letters, The Journal of Physical Chemistry Letters, Advanced Materials等等）。有AC與FC兩種計點法。AC（Article count）指論文數：只要是論文作者中有一人來自該機構，就計1點；FC（Fractional count）指「貢獻值」：每篇論文點數為1，若有N位作者，則每位作者的貢獻值計為N分之1，然後就每一機構加總。
科學研究注重原創；事實上只有極少數論文能引領風潮而樹立典範，而其他大部分論文則或附和助成，或只在小眾間相觀而善。反映在學術期刊上，則上述82種頂尖期刊的影響指數（impact factor，即該刊的每篇論文平均引用次數）遠遠超過一般學術期刊（例如Nature的影響指數有43.0，而一般期刊有1.0就算不錯了）。因而，一個機構在頂尖期刊上發表論文的多寡，的確可以顯示其學術研究創新的水準。
2015年整年的FC排名，前5名依序為（案：括弧裡的數字就是前述「貢獻值」）：中國科學院（1620.68）、美國的哈佛大學（886.99）、法國國家科學研究中心French National Centre for Scientific Research（790.39）、德國的普朗克研究所群Max Planck Society（745.18）、美國的史坦福大學（636.11）。北京大學排名第14（369.66），清華大學（北京）排名第28（278.86）。此外，日本的東京大學排在第8（526.72），新加坡國立大學第45（212.00），南韓的首爾國立大學第65（166.93），香港科技大學第138（100.68）。
與之相較，2015年臺灣最佳的三個基礎科學研究機構是：國立臺灣大學第108（115.83）、國立清華大學（新竹）第190（79.15）、中央研究院第194（77.54）。許多中國大陸的大學都排在前面；江蘇省屬的蘇州大學近年異軍崛起，排名第80（140.7），值得注意。
三年後如何？2018年整年的FC排名，前5名大致不變（可見指標有相當的信度）：中國科學院（1698.14）、哈佛大學（874.68）、普朗克研究所群（757.32）、法國國家科學研究中心（689.86）、史坦福大學（622.01）。須注意的是：北京大學排名提前到第10（411.85），清華大學（北京）第13（392.96），南京大學第16（386.91），中國科技大學第18（343.45），皆進步甚多。此外，東京大學排在第9（430.86），新加坡國立大學第35（250.93），首爾國立大學第69（165.84），香港科技大學第115（108.39）。
與之相較，2018年臺灣最佳的三個基礎科學研究機構是：中央研究院第209（70.45）、國立臺灣大學第217（82.43）、國立清華大學第301（61.45），無論排名或論文貢獻度都明顯大幅退步。至於蘇州大學，則上升至第56（161.11）。
看到以上的統計，我們是不是應該檢討：臺灣的基礎科學研究到底出了什麼事？之前我們總有個錯覺，以為中央研究院的基礎科學研究應該很不錯——不是有諾貝爾獎級的人在主持麼？不是數理科學組有十一個研究單位，生命科學組有九個研究單位嗎？不是每年投入許多的研究經費，而研究者並無教育負擔嗎？但是拿到世界上去，就被人大大的比了下去，實在有點出人意外！
常有論者主張將中央研究院併入臺大，如此可望大大提升排名。從以上的數據看，若中研院與臺大合併計算，2015年的FC為193.34，可以排到第53，在日本的東北大學及美國的馬里蘭大學之間。到2018年，則中研院與臺大合併計算的FC為152.88，名次退為第75，排在日本的理化學研究所（RIKEN）及南韓的韓國科學技術院（KAIST）之後。
臺灣的幅員及資源，總體而言當然與大國相差甚多。但以機構比機構，想來總應該可以有得一拚！然而，臺灣大學加中研院竟然敗給蘇州大學？觀察趨勢，則往後的情況會越來越糟。問題是多方面的：
大學及研究機構廣設，因而資源分散。
研究計畫被學閥把持，以致優秀學者出走。
學術研究機構帶頭人不孚眾望，因而學界研究精神渙散。
學術不軌事件經常發生，當局常敷衍了事，惡惡而不能去，以致學風敗壞。
青年對學術研究的意願不高，新血不繼，研究者的平均年齡漸長。
當局政策注重應用研究及產學合作（例如科技部近年將重點放在與產業技術領域相關的科技，如人工智能之類），基礎科學研究較不受重視。
在教育當局沉迷於追求「國際科學奧林匹亞」金牌的同時，卻不知：我們的基礎科學研究環境在急遽敗壞中！
＊作者為《通識再現》主筆群
