前述規定，順利照蔡的意志貫徹，但黨內外政治現實卻迫使蔡不得不重新衡量，就職前兩個多月，3月2日中常會，謝系管碧玲率先發難，英文系陳明文、新潮流鄭文燦、游系林佳龍等輪番發言「懇求」下，為了貫徹政見，讓黨務成為政務的後盾，蔡被迫「黃袍加身」，宣布因應新情勢，會繼續兼任黨魁，讓黨、政間，仍有黨籍總統作為臍帶聯繫，儘管學界輿論諸多批評，但民進黨核心要員則都鬆了一口氣。
一位英文系立委當時就直言，蔡英文責任感重，一月中剛勝選，對黨籍立委一些天馬行空提案，造成外界非議，都有強烈意見，如果蔡不是黨主席，如何透過常會機制，和立院黨團對話？影響黨團？
蔡兼任黨主席，也替未來重整黨政同步，循扁九人小組前例，創設新機制，埋下伏筆。蔡用非民進黨籍林全組閣，除副閣揆林錫耀、法務部長邱太三、農委會主委曹啟鴻、環保署長李應元、文化部長鄭麗君等為民進黨政治人物背景，張景森、林萬億兩位政委為民進黨政策體系出身外，其餘多為專業文官背景及學者，甚有在馬英九總統執政時任官者，林全內閣的組成成分，再加上被削弱的黨政同步機制，內閣和掌握國會多數的民進黨傳統體系，發生不小衝突。
重啟核一事件引爆黨內地雷，促成林全和黨籍立委週四便當會
因應夏天可能缺電，擬重啟核一廠，成為林全內閣和民進黨第一個危機，誤信固定列席出席常會的副閣揆林錫耀，既然有參與民進黨中常會，形同和黨內完成溝通，林全在上任未足月，便拋出可能要重啟核一，因應限電危機的議題，卻因此踩到黨內反核大地雷。
此議一出，黨內反彈者眾，尤其身兼中評會主委，自己夫婿還是內閣官員的資深綠委邱議瑩甚至怒嗆「身為民進黨都覺得丟臉」，讓林全內閣被迫收回相關構想。
林全雖非民進黨人，但和民進黨人共事多年，也曾任部會首長，對實際政治、國會運作有一定理解，重啟核一風暴，讓林全驚覺，內閣和民進黨，尤其黨籍立委間有隔閡，因此除了週一傍晚，固定由林錫耀及民進黨立院黨團總召集人柯建銘主持，府、黨派人列席的行政立法協調會報外，林全也利用每週四中午，增開固定和黨籍立委的便當會，邀黨團幹部及黨團內意見領袖立委共商施政大計，而在林全堅持、背書下，兼任民進黨政策會副執行長多年、柯建銘的國會辦公室主任何佩珊，也到政院任副秘書長，協助行政立法協調整合。
相較多數內閣閣員，林全顯然更重視國會溝通，勞基法修正推動，黨籍立委除林淑芬外，幾乎是完全整合，林全在兆豐金美國分行遭美方重罰風波下，雖一度堅持金融專業本位，被獨派找到攻擊點又受重傷，黨籍立委雖有怨言，但呼應跟著落井下石者稀，除了清楚蔡英文仍要挺住林全意向，林全對國會意見是相對重視，也是重要關鍵。
