即便是順利完成訓練的學生，包括36年班畢業的前參謀總長劉和謙與聯勤總部副總司令鄭本基，都先在鳳山招待所經過嚴刑逼供後，被受到南投的反共先鋒營經過政治考核後才讓他們官復原職。這些馬尾系青年軍官被保留了下來，在海軍體系中步步高昇，成為獨派所謂「萬惡黨國體系」的一分子，但是白色恐怖給他們造成的陰影卻是同樣揮之不去的。
整肅範圍的不斷擴大
死在白色恐怖時代的海軍軍官當中，確實也有許多想要把船開回大陸的「真匪諜」。比方說崑崙號運輸艦的艦長沈彝懋與美頌號運輸艦的艦長毛卻非，確實都將自己的叛變意圖付諸實行，但是卻在艦上愛國官兵的阻止下失敗。槍斃沈彝懋與毛卻非兩人，本身並沒有法律或道德上的問題。只是在槍決兩人的同時，卻也有為數不少的無辜人士被牽連。
比方說沈彝懋與他的兒子沈勳，都是崑崙號叛變的策劃者，所以他們一起在1949年11月16日於桃仔園被槍決。但是沈彝懋另外一位在海軍官校38年班的兒子沈白，對這起叛變根本一無所知，同樣被情治人員抓出來槍決，就真的是不折不扣的國家暴力了。毛卻非的弟弟毛扶正，也只不過因為他具有毛卻非弟弟的身分，被足足關了五年。
伴隨著國軍在大陸兵敗如山倒，桂永清對海軍的不信任感日益強化。尤其在被他視為拜把兄弟，並任命為海軍總司令部上海辦公室代主任的徐時輔投靠中共之後，桂永清整肅的對象更擴大到馬尾系海軍之外的範圍。就連被桂永清視為子弟兵的中央海軍訓練團畢業生，也都難以避免遭到波及。中央海軍訓練團第5期出身的胡子丹，其實就是最好的案例。
胡子丹早年曾隨永順號掃雷艦參加戡亂戰爭，在秦皇島與葫蘆島海面上搜捕替解放軍運送物資的機帆船，替中華民國海軍立下汗馬功勞。只是在跟著永昌號巡邏艦撤退到左營以後，他還是於1949年12月3日遭到逮捕，就不過是因為一位在香港的同學宋平寫信給人在台灣的另外一位同學陳明誠，詢問了一下胡子丹的下落而已。
可沒想到胡子丹就只因為被提了一下名字，就莫名其妙捲入了「陳明誠、宋平匪諜案」，被關押了足足3,212天。從上面的幾個案子來看，無論被關押或者槍決者是否遭到冤枉，他們都是以「通匪」的罪名遭受關押或槍斃，與「台獨」完全沒有關係。而在國家認同上，這些人清一色以「中國」為自己的祖國，只是對「中國」的定義有所不同。
以生命保衛復興基地
撇開真的在替中共工作的匪諜，還有因為思念大陸故鄉而希望把軍艦開回大陸的官兵不談，絕大多數遭到冤枉的海軍官兵還是以擁護中華民國的「白色統派」或者「藍色統派」為主。由於沒有在地面上與中共面對面作戰的經驗，他們未必是根深蒂固的反共主義者，但仍將中華民國視為自己唯一效忠的對象，沒有認同中共的可能。
