馬英九基金會針對前執行長蕭旭岑、王光慈二人涉嫌背信、侵占之事，5月29日向士林地檢署提告。對此，國民黨立委吳宗憲在網路節目《政治一點明》中表示，希望地檢署處理此案時使用輪分方式，減少誤會可能。偵查大公開在台灣已是事實，說沒有的完全是睜眼說瞎話。身為公務員應負有偵查不公開的責任，真正要被究責的是公部門。
吳宗憲呼籲，希望士林地檢署在受理此案時，檢察長不要介入指分給某個特定人，此案既然是民生議題、人民之間的糾紛，希望使用輪分的方式，而非指定給特定檢察官。除了較特別或高度專業的案子，會指定分配給專業較強的檢察官，其餘照慣例都是使用電腦輪分。此案告的是公益侵占 ，僅需查清是否有這筆錢，以及被告是否有易持有為所有，調查難度較低，任何一個檢察官都會查，因此不要指分，因為即使是善意的指分，也容易被誤會，不如輪分給一個檢察官辦案。
吳宗憲說明，馬英九基金會之所以提出告訴而非自訴，因為本就較少人使用自訴方式，自訴等於是不信任檢察官的的存在，且自訴為強制律師主義，必須花錢聘請律師，告訴則是交由檢察官調查。依目前的狀況，因為檢察官的偵查力量較強，所以使用告訴的模式處理較為常態。
吳宗憲：想爭對錯是非可以請檢察官處理，不是媒體放話
吳宗憲直言，事件繼續擴大下去對藍營選情一定會造成傷害，所以無法理解這群人的所做所為，沒有必要為了自己的利益而去損壞大家的利益，且若想爭一個對錯是非，可以請檢察官處理，而不是利用媒體放話。因為媒體放話都是單方面輸出資訊，雙方話語權不平衡，但在法庭上原告進行指控，也會讓被告進行答辯，這個對話才有意義。
吳宗憲認為，偵查大公開錯的是檢察官，偵查大公開在台灣已是事實，說沒有違反偵查不公開就是「睜眼說瞎話」。當許多偵查的細節被洩漏給媒體，糟糕的是偵查機關的檢察官、書記官及法警等人，身為公務員就要負有偵查不公開的責任，因此真正要被究責的是公部門。現在台灣已經是特定政治傾向的偵查大公開，但某些事情被偵辦時又毫無消息，此情況相當糟糕。
吳宗憲指出，從此次馬英九基金會的事件可以重新審視，過往偵辦刑事案件時，確實存在利用別人健康狀況進行不法情事的人，這是一個社會事件，當遇到這些較不美好的事時，就應想辦法有個完善的制度進行處理。馬英九基金會的事件就交給專業，由專業告訴國人是否存在違法狀況，若專業告訴國人有，就應該相信專業，而非讓人利用馬英九的身體狀況胡作非為。
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