秦良玉對於情勢並不樂觀，甚至是絕望，她曾對前來參觀陣勢的客人抱怨就要與邵捷春一起死在這裡了，身為沙場老將的她也精準的點出我方的不足處—由於邵捷春並未佔據高處，因此三支部隊很容易被分批擊破，根本不能相互掩護，唇亡齒寒，一但一支部隊被擊破，另外兩支也無法苟存。
張獻忠入蜀後，秦良玉害怕的事情果然發生了。老將張令被張獻忠的義子李定國狙殺，部隊瞬間潰敗。秦良玉率部前往救援，但已回天乏術，想撤退又為時已晚。
秦良玉率領的三萬白桿兵近乎死盡，她自身則是勉強從戰亂中脫身。前往向巡撫邵捷春建議：「事態嚴重了，我召集能徵集的士兵還能湊出兩萬人。我自己付一半的軍餉，剩下一半由官府支付，這樣應該足夠對付賊人。」
邵捷春已被楊嗣昌視作棄子，手中也沒有軍糧能給秦良玉利用，只能辭謝她的計略，秦良玉無奈地離去。隨後的事實證明，四川根本無法將流寇封死，張獻忠又從四川殺出，直搗湖北襄陽。
秦良玉的獨子馬祥麟正在襄陽駐守，眼見流寇聲勢浩大，城破人亡已成必然，他撰寫家書給當時已高齡67歲的老母親：「兒誓與襄陽共存亡，願大人勿以兒安危為念！」秦良玉見到這封等同於絕筆的家書，簡單的回信：「好！好！真吾兒！」
明末流寇肆虐，秦良玉堅守唯一樂土
1641年，崇禎十四年，襄陽城破，馬祥麟戰死殉城，張獻忠將襄陽藩王襄王朱翊銘活活燒死。同一年，李自成也攻破了洛陽，洛陽的福王正是當年導致萬曆怠政，明神宗最寵愛的三兒子朱常洵，他此時胖的像是頭豬，百姓都暗諷他為豬王。
傳說中，李自成把這名重達百斤的王族丟進鍋裡活活煮熟，再將肉分食殆盡，兩名藩王相繼被虐殺，朝野一同指責負責剿寇的大學士督師楊嗣昌，楊嗣昌又急又怕，生了重病也不敢向崇禎皇朱由檢報告，就這樣病死在任內。
1644年，崇禎十七年。李自成攻破北京，朱由檢這名有心圖強，但時局超出自身能力的末代皇帝在煤山自縊，明帝國就此滅亡。張獻忠見到李自成會早先一步殺入京師，自討沒趣的他再一次返回四川，準備在當地稱王當個土皇帝。
秦良玉知道張獻忠即將返回，連忙繪製了全四川的地形圖給巡撫陳士，地圖上詳註十三個可駐兵抵禦張獻忠入侵的隘口，但陳士奇是一名只會嘴上談兵的腐儒，講得一口好兵法，實戰上毫無經驗也毫無對策，便無視了秦良玉的獻計。
秦良玉不死心，又找上了巡按劉之勃幫忙，劉之勃稱許秦良玉的計策，但手上已無兵可用。接連碰到冷釘子的秦良玉除了無奈還是只有無奈，她捲起那張畫著故鄉四川各處險要的地圖，返回石砫整備部隊。張獻忠再一次的入侵夔州，秦良玉再一次的率領白桿兵前往迎戰，只是地方部隊的白桿孤軍此時已無法抵擋國家規模的張獻忠流寇集團，秦良玉再一次的敗北，只能帶著白桿兵回到石砫固守。
