盤據當地八百年的播州楊氏終於被連根拔起，明帝國得以在當地執行改土歸流之政策，讓官員直轄當地，而非由土司獨立統治。馬千乘的胞弟馬千駟則是因參與叛亂遭到處斬，石砫馬氏清理門戶的目標也達成了。
在平定楊應龍之亂的戰事中，秦良玉和馬千乘厥功甚偉，但他們低調不居功，或許是謙虛，也或許是這場叛亂本來就和自家有關，又或許是看到同為百年土司的楊氏遭到連根拔除感到不安，他們只是靜靜地帶著子弟兵返回了故鄉石砫。
馬千乘獄中病死，冤獄悲劇造就一代名將
但是，災禍仍然降臨在他們身上。萬曆中興後，張居正一條鞭法的弊病開始浮現，得以親自掌權的萬曆帝明神宗朱翊鈞恨極了張居正的嚴格管教，但他也無法讓國家重回中興時的正軌。
朱翊鈞因為寵愛三子朱常洵而想立他為太子，但群臣堅持要謹守太祖朱元璋的遺詔，非得立長子朱常洛為太子不可。氣憤於群臣管束，又龍體欠佳的朱翊鈞索性不再上朝，從此展開了長達20年的萬曆怠政，雖然國家並非完全停止運轉，但是缺乏溝通的君臣因此逐漸將帝國帶往廢弛的一端。
在這段期間，最讓人詬病的弊端就是礦稅，為了應付萬曆三大征，也就是：楊應龍之亂、與日本豐臣秀吉相鬥的朝鮮之役與平定蒙古降將叛亂的寧夏之役這三場龐大的戰爭所花費的開銷，朱翊鈞巧立了不少明目向民間徵稅，礦稅就是其中之一。礦稅的基本目的就是管理民間自由開礦的權力。並且大量徵收從礦業取得的稅金，最大的問題則是：他採用了宦官作為稅官徵收礦稅，這些缺乏風骨的宦官們往往為了中飽私囊私下收賄，或是侵占稅金，而萬曆怠政更是讓這種現象變本加厲。
馬千乘先前入獄，父親馬斗斛被逐也正是因為開礦不力被罰之故，而礦稅所帶來的弊端，將再次纏繞於馬千乘之身。
當時掌管四川礦稅的宦官名為丘乘雲，是個不折不扣的貪官。馬千乘在開礦的事業上得罪了這名《明史》上特別註明的大貪官，因此被誣陷入獄，馬千乘先前得以逃過一劫，從囹圄中脫身。但這次他就此與愛妻秦良玉死別，病死於獄中，並留下了倆人的幼子馬祥麟。朝廷也知道這是場冤獄，但馬千乘人已作古，馬祥麟仍然年幼，宣撫使的土司之位就這樣落到了秦良玉肩上，她必須代替冤死的丈夫，還有年少的兒子擔起石砫這個重擔，在此刻，冤獄的悲劇讓她成為了統帥白桿兵的女將軍—秦良玉。
女真族後金入侵，秦良玉擊退努爾哈赤
1620年，萬曆47年，明朝對外最大的威脅—努爾哈赤的女真族後金逐步進逼，朝廷決定調派各地的土司率兵前往東北馳援守軍。秦良玉受旨後，派遣了兄弟秦邦屏、秦民屏兩人率兵先行前往，她自己則是帶著兒子馬祥麟調派部隊後隨後跟上。
