秦良玉原本不願繼續勞師動眾，但是胡平表嚎哭並不吃不喝了五天以示決心，受到感動的秦良玉這才願意派兵，並處斬了奢崇明派來請求合作的使者。當時四川其他土司盡數被收買或按兵不動，只有秦良玉仍對明帝國忠心，秦良玉帶著胞弟秦民屏，以及姪子秦翼明、秦拱明一路從石砫打出，先是收復了重慶各地，又解了成都之圍。
朝廷得知秦良玉的活躍，再加封了馬秦兩家人的官位，秦良玉得到朝廷的肯定後更加奮勇，與明軍一齊將四川全境收復。但是收復的僅有四川，奢安兩土司仍在貴州擁有龐大勢力，秦民屏隨著貴州巡撫前往貴州平亂，熟知當地地形的彝族以游擊戰且戰且走，明軍隨著糧草消耗殆盡不得不退兵，在匆忙歡亂的撤退戰中，秦民屏不幸戰死，兩名隨父出征的兒子秦佐明、秦祚明也身負重傷。
秦良玉手足盡失，她上奏請求從優撫恤亡弟和其家眷，那年她已49歲。奢安之亂總計持續了九年的時間，對原本就搖搖欲墜的明帝國來講可說是雪上加霜，但不管是對秦良玉，還是明帝國來講，最艱困的考驗仍未到來。
再戰女真族後金，秦良玉受皇帝表揚
1630年，崇禎三年，在對山海關久攻不下，滿州也遭受飢荒的情況下。皇太極決定繞路而行，借道蒙古直驅中原，後金攻陷了永平、遷安、灤州、遵化四城，皇太極已兵臨王都北京城下。這次是滿軍第一次入關，史稱己巳之變，崇禎帝朱由檢詔令天下進京勤王，解北京之圍，但當年天下大旱，飢荒四起，盜賊四竄，各地勢力都選則按兵不動，堅守自保。
唯有秦良玉奉旨勤王，以自身家財籌辦軍餉，帶著兒子馬祥麟、媳婦張鳳儀、姪子秦翼明前往北京救援。一到北京，居民和官員聽聞秦良玉親率白桿兵前來救援無不士氣大振，在國家最危急的時刻，出現救援的竟然是一名女子，剛中了反間計，害死了自家的大將袁崇煥的朱由檢當時的心情可說是難以言喻，也受到鼓舞的皇帝親自召見秦良玉，並親自提筆寫下四首讚詩表揚。
學就西川八陣圖，鴛鴦袖裡握兵符。由來巾幗甘心受，何必將軍是丈夫。
蜀錦征袍自裁成，桃花馬上請長纓。世間多少奇男子，誰肯沙場萬里行！
露宿風餐誓不辭，飲將鮮血代胭脂。凱歌馬上清平曲，不是昭君出塞時。
憑將箕帚作蝥弧。一派歡聲動地呼。試看他年麟閣上，丹青先畫美人圖。
這就是秦良玉的寶具，崇禎帝四詩歌的來源。 附帶一提，雖然這四首詩看起來像是在表揚年輕女將，但秦良玉當年已是56歲的老將了。己巳之變最終以明軍收復永平四城作收，但後金早已劫走大量平民和物資，食髓知味的後金，或稱後來的清軍已知道如何從積弱不振的明帝國榨取資源。收復四城後，秦良玉奉旨回到四川駐守當地，但她將兒子、媳婦、姪子和部分白桿兵留在北京，供朝廷差使。
